Join with a free account for more service, or become a member for full access to exclusives and extra support of WorldSupporter >>

Gen, Omgeving & Ziekte - Oefenpakket

Deze samenvatting is gebaseerd op collegejaar 2012-2013. Bekijk hier ons huidige aanbod.

Oefenvragen

Thema 1a: Basale Genetica

Vraag 1

In onderstaande stamboom hebben alle donker aangekleurde personen dezelfde ziekte. Er is

een koppelingsstudie verricht met gebruik van 2 genetische markers. De resultaten worden gegeven in de tabellen.

 

 

I-1

I-2

I-3

I-4

II-1

II-2

marker X

11

22

33

44

12

34

marker Y

44

33

22

11

34

12

 

 

III-1

III-2

III-3

III-4

III-5

III-6

III-7

III-8

III-9

III-10

X

23

14

13

24

13

23

24

14

23

13

Y

13

14

24

13

23

23

13

14

23

24

 

1. Wat is het overervings-patroon? (2)

2. Reconstrueer de meest waarschijnlijke haplotypes. Met welk haplotype erft de ziekte over ? (2)


3. Welke persoon in generatie III heeft een onverwachte combinatie van allelen ? Wat is de verklaring ? (2)

4. Welke marker ligt dichter bij het gen voor de ziekte ? (2)

Thema 1b: Spier Dystrofie

Vraag 2

Duchenne/Becker spierdystrofie worden veroorzaakt door mutaties in het gen dat codeert voor

het spiereiwit dystrofine. Uit onderzoek is gebleken dat 10,0-20,0% expressie van een normaal dystrofine genoeg is voor het volledig ontbreken van ziekteverschijnselen. Zakt het expressieniveau onder deze 10,0-20,0% of wordt er een dystrofine gemaakt waaruit een stukje ontbreekt dan hebben we te maken met Becker spierdystrofie. Zakt de dystrofine expressie onder de 1% dan hebben we te maken met de ernstige vorm, Duchenne spierdystrofie. Behalve deleties en puntmutaties treden er ook duplicaties op in het dystrofine gen. In principe gelden daar dezelfde regels voor m.b.t. behoud of verbreken van het leesraam.

 

1.  Stel dat er een stukje van het gen is gedupliceerd waarop slechts één exon van 116 nucleotiden zit en waarbij de rest van het gen normaal is.

Geeft deze mutatie Duchenne of Becker spierdystrofie? En waarom?

 

Je wilt voor deze duplicatiemutatie met de zogenaamde antisense-oligonucleotide techniek middels 'exon-skipping' een gen-correctie-therapie ontwerpen. Ga ervan uit dat je elk exon in deze techniek met ca. 10% efficientie kunt laten skippen en dat dat tot ca. 50% van de normale hoeveelheid eiwit zal leiden.

 

2. Beredeneer, of deze therapie voor zo'n duplikatie beter, even goed of minder (in percentages?) werkzaam zou horen te zijn dan voor een exon-deletie om het leesraam weer terug in frame te krijgen. Neem als basis voor je beredenering de structuur van het gen met dit gedupliceerde exon en het (de) te verwachten genproduct(en) na exon skipping.

 

Thema 1b: Spier Dystrofie

 

Vraag 3

Een praktijkgeval

Een jonge vrouw meldt zich op uw spreekuur. Zij is recent in het huwelijk getreden en het

echtpaar heeft kinderwens. Een jongere broer heeft de spierdystrofie van Duchenne. Hij is ernstig verzwakt. De ziekte komt verder in de familie niet voor. Mevrouw wil weten hoe groot de kans is op dezelfde ziekte bij haar kinderen.

1.  Teken de stamboom

2. Leg uit welke informatie en welk laboratorium onderzoek nodig is om tot een schatting van het risico te komen.

 

Thema 2: DNA herstel en kanker

Vraag 4

MNU en ENU zijn twee vrijwel identieke chemische stoffen die respectievelijk addities van een methyl- of een ethyl- groep veroorzaken aan de basen van het DNA. MNU vormt vrijwel uitsluitend adducten op de guanine basen in het DNA, terwijl ENU adducten induceert op zowel adenine als guanine basen. De mutaties veroorzaakt door ENU bestaan uitsluitend uit base paar substituties, terwijl de mutaties na MNU blootstelling voor 70% uit base paar substituties en voor 30% uit deleties bestaan.

 

1. Een onderzoeker wil in p53+/- muizen tumoren induceren. Beredeneer met bovenstaande gegevens betreffende mutatiespecificiteit of het uitmaakt of hij hiervoor MNU of ENU gebruikt om verlies van activiteit van het wild type p53 allel te induceren. Ga er hierbij vanuit dat bij de gebruikte concentraties van MNU en ENU vergelijkbare frequenties van veranderingen in de DNA sequentie geïnduceerd worden. (2)

 

2. Een andere onderzoeker wil huidkanker induceren in een muismodel. Hiervoor is activering van het Braf oncogen door een heel specifieke T>A mutatie op positie 1796 van het gen noodzakelijk. Beredeneer met bovenstaande gegevens betreffende muta- tiespecificiteit of het uitmaakt of hij hiervoor MNU of ENU gebruikt. Ga er weer van- uit dat concentraties van MNU en ENU vergelijkbare frequenties van veranderingen in de DNA sequentie geïnduceerd worden. (2)

 

Vraag 5

Het Rb gen heeft twee homologe genen, de zgn. p107 en p130 genen. p107 en p130 hebben

beide een functie die lijkt op die van het Rb eiwit. Terwijl de functie van het Rb eiwit wel frequent aangetast is in humane tumoren door mutaties in Rb gen, zijn de p107 en p130 genen vrijwel nooit gemuteerd in kankercellen. Geef een verklaring waarom mutaties in p107 of p130 blijkbaar niet leiden tot een versnelde ontwikkeling van kanker. (4)

Vraag 6

Xeroderma pigmentosum (XP) patiënten hebben een sterk verhoogde kans op het ontstaan van huidkanker in aan de zon blootgestelde delen van het lichaam. Bij onderzoek is gebleken dat homozygote mutaties in 7 verschillende genen aanleiding kunnen geven tot het XP fenotype. Verklaar hoe één klinisch fenotype bij een XP patiënt met verschillende genen kan associëren. (4)

Vraag 7

Welke van de volgende stoffen is volgens u het sterkst toxisch en waarom?

A) Een stof die thymine dimeren veroorzaakt.

B) Een stof die reageert met guanine basen in het DNA en waarbij guanine door adenine wordt vervangen tijdens de DNA replicatie.

C) Een stof die de twee DNA strengen van een dubbele helix covalent aan elkaar bindt.

D) Een stof die kan knippen in de suiker-fosfaat ruggengraat van het DNA.

E) Een stof die depurinatie van DNA basen veroorzaakt.

 

Thema 3a: Lipiden

Vraag 8

Patient A is 35 jaar oud. In zijn familie komt familiaire dysbetalipoproteinemie voor. Twee

jaar geleden waren zijn lipide waarden  “okay”. Een recent laboratorium onderzoek levert echter een uitgesproken dyslipidemie op, compatibel met FD.

1. Welke ziekte wordt veroorzaakt door ApoE2/E2 homozygositeit?

2. Noem tenminste 3 factoren die kunnen hebben bijgedragen tot de recente verandering in phenotypische expressie.

 

Vraag 9

Een patiënt meldt zich op de polikliniek. Hij heeft een zwaar belaste familieanamnese voor

atherosclerose op jonge leeftijd. Bij lichamelijk onderzoek ziet U xanthomata in diverse pezen. Zijn cholesterol bedraagt 10 mmol/L (high) De andere lipide waarden in bloed zijn normaal.

1.  wat is de diagnose? (2)

2. Een student werkt aan een research project. Hepatocyten van patiënten worden gekweekt om het gedrag van de LDL receptor te bestuderen. Bij enkele van de kweken valt op dat er geen LDL-receptoren op het celoppervlak worden gevonden. Er wordt een klasse II mutatie gevonden. Beschrijf het effect van klasse II LDL receptor mutaties op cellulair niveau. (2)

3. Omdat het research project erg succesvol verloopt wordt ook weefsel van andere patiënten ingestuurd naar het laboratorium. É én van de onderzoeksvragen is of er een mutatie in een ligand domein aanwezig is. De experimenten wijzen uit dat de receptor op het oppervlak van de cel tot expressie komt en LDL kan binden. Hoe kan in dit geval het hoge cholesterol gehalte bij de patiënt worden verklaard? Let wel: de diagnose is correct! (2)

 

 

Thema 3b: Veneuze Thrombose

Vraag 10

Er zijn meerdere erfelijke risicofactoren voor veneuze trombose bekend.

1) Noem vijf erfelijke risicofactoren voor veneuze trombose en geef aan of het een

“gain-of-function” dan wel een “loss-of-function” afwijking betreft.

2) In vraag a) heeft u zowel “gain-of-function” als “loss-of-function” afwijkingen benoemd. Indien iemand zowel een dergelijke “gain-of-function” als een “loss-of- function” afwijking heeft geërfd, heffen die elkaar dan op? Motiveer uw antwoord.

3) De leeftijd waarop patiënten hun eerste diep veneuze trombose krijgen is gemiddeld lager indien er in hun familie meerdere mensen een trombose hebben gehad. Leg uit waarom die gemiddelde leeftijd lager is dan bij willekeurige patiënten met diep veneuze trombose zonder erfelijke factor.

4) In de zelfstudie opdracht Gene and Environment heeft u het artikel bestudeerd

van Dr. F.R. Rosendaal, Venous thrombosis: a multicausal disease. In dat artikel wordt een model beschreven van de kans op trombose, waarmee het optreden van trombose bij een bepaalde persoon op een bepaald moment kan worden verklaard. Het model gebruikt de volgende parameters: trombosepotentiaal per risicofactor (= bijkomend risico per factor); totale trombosepotentiaal (= het totale risico op trombose van het individu); de trombose drempel (wanneer het risico deze drempel overschrijdt dan zal dit tot trombose leiden). Noem drie voorbeelden van maatregelen waardoor de totale trombosepotentiaal verlaagd kan worden.

 

Vraag 11

Trombose kan voorkomen in slagaders (arteriële trombose) maar ook in aderen (veneuze

trombose). (2)

1) Geef een definitie van trombose. Is deze definitie hetzelfde voor arteriële en veneuze trombose? (2)

2) Risicofactoren voor veneuze en arteriële trombose zijn verschillend. Geef vier risicofactoren die voornamelijk bijdragen aan het risico op arteriële trombose en vier risicofactoren die voornamelijk geassocieerd zijn met veneuze trombose. (2)

3) Beschrijf het conceptuele verschil in behandeling van arteriële trombose (bijvoorbeeld hartinfarct) en veneuze trombose (bijvoorbeeld trombosebeen). Leg dit verschil uit op grond van de ontstaanswijze en de opbouw van de stolsels. (2)
Lijn Farmacologie

Vraag 12

Mevrouw de Vries is recent gediagnosticeerd met diepe veneuze trombose. In het ziekenhuis

is ze behandeld met heparine. Toen ze naar huis ging, heeft ze acenocoumarol (oraal) meegekregen. Tien dagen later wordt ze acuut naar het ziekenhuis gebracht vanwege spraakstoornissen en uitval van haar linker arm en been. Ze blijkt een hersenbloeding te hebben.

Acenocoumarol is een substraat voor het CYP2C9 enzym. Er wordt een genotypering van de patiënt gedaan.

1. Wat verwacht u omtrent de uitkomst van deze test? Mevrouw de Vries is een: (2)

Omcirkel het juiste antwoord.

Poor                Extensive                    Ultra-fast          metabolizer van CYP2C9.

2. Licht uw antwoord toe. (= beschrijf wat er is gebeurd met het metabolisme) (2)

 

Vraag 13

Een patiënt gebruikt chronisch het geneesmiddel nifedipine om haar bloeddruk te verlagen.

Nifedipine is een substraat van cytochroom P450 enzym CYP3A4. De patiënt heeft echter ook een depressie. Hiervoor wordt zij behandeld met fluvoxamine. Dit middel is een remmer van het enzym CYP3A4 en CYP 2C19.

1.  Beschrijf uw verwachting: wat zal het behandeleffect zijn voor de depressie of juist voor de bloeddruk? Leg ook uit waarom. (2)

2.  Beschrijf uw verwachting: wat zal het behandeleffect zijn voor de bloeddrukverlaging? Leg ook uit waarom

 

Antwoorden

1

1.1       autosomaal dominant

1.2       1,4 afkomstig van opa aan vaders zijde

1.3       III,1 recombinant bij moeder en III,5 recombinant bij vader

1.4      de eerstgenoemde, want bij III,5 recombineert de tweede marker van de ziekte af

 

2

2.1      Duchenne – aantal nucleotiden in het gedupliceerde exon is niet deelbaar door 3: leesraam verstoord

2.2      exon skipping van alleen het gedupliceerde exon zal beter resultaat hebben dan skippen van een aanpalend exon, want als skippen van het exon effectief is voor 10% dan zal in 10% van de kernen het ene gedupliceerde exon geskipped worden en in 10% van de kernen het andere gedupliceerde exon, samen 20%, leidend to 10% effectief genproduct.

Skippen van een aanpalend exon bij een deletie zal half zo effectief zijn.

 

3

3.1

3.2      stap 1: verificatie van de diagnose: is er bij de broer een mutatie gevonden, zo ja welke ? Dragerschap mutatie bij mevrouw testen. Zo nee, waarop berust de diagnose DMD ? Indien niet eerder gedaan, gehele DMD gen testen op deleties en/of duplicaties met MLPA. Indien geen karakteristieke afwijking: Spierbiopt ? Expressie dystrofine ? Indien niet bekend, dat testen met immuunhistochemie. Indien dystrofine afwezig doorzoeken naar mutatie met fragmentanalyse (DGGE, melting curve, sequencing)

 

4

4.1      Doordat deleties veel frequenter de functie van een gen zullen aantasten dan base paar subsitituties, zullen er na behandeling met MNU meer tumoren ontstaan dan na behandeling met ENU.

4.2      Aangezien alleen ENU DNA adducten op AT base paren veroorzaakt, zal alleen ENU in staat zijn de noodzakelijke activerende T>A transversie in het Braf oncogen te induceren.

 

5

5          Mutatie van p107 of p130 geeft blijkbaar geen selectief groeivoordeel voor tumorcellen, mogelijk doordat in de weefsels waarin zij een rol spelen in controle van de celgroei, het Rb eiwit hun functie (gedeeltelijk) kan overnemen.

 

6

6          XP patiënten hebben een defect in nucleotide excisie herstel, wat een multistaps proces is waarin verschillende eiwitten betrokken zijn. Homozygote mutatie van één van de hierbij betrokken genen zal leiden tot functieverlies van het gehele complex en hierdoor aanleiding geven tot hetzelfde fenotype bij de mens.

 

7

7          Antwoord C) is correct. Deze zogenaamde crosslinks maken transcriptie en replicatie onmogelijk en zijn hierdoor enorm toxisch.

 

8

8.1       Familial dysbetalipoproteinemia

8.2       age, expression in 3 decade, changes in insulin resistance/diabetes, increase in weight etc, table article dr Smelt

 

9

9.1       FH

9.2       disturbed transfer of LDL-r from ER to Golgi

 

9.3       no problem in LDL-binding, but a class IV or V mutation: defective clustering in coated pitts or defective recycling of LDL-receptors

 

10

10.1     Gain-of-function: Factor V Leiden/APC resistentie, Protrombine G20210A

            Loss-of-function: Antitrombine deficiëntie, Proteïne C deficiëntie, Proteïne S deficiëntie

 

10.2     Deze heffen elkaar NIET op, maar samen geven ze juist een nog sterker trombose risico. Het gaat namelijk om “gain” van procoagulante factoren en “loss” van anticoagulante factoren.

 

10.3     Trombose is een multicausale aandoening. Er spelen omgevingsfactoren en erfelijke factoren mee. Conform het model uitgelegd in het artikel van Rosendaal treedt trombose op als alle risicofactoren samen boven de trombosedrempel uitkomen. Wanneer bij iemand in de familie meerdere mensen trombose hebben gehad dan is het erg waarschijnlijk dat er in die familie erfelijke factoren een rol spelen. Dus die risicofactor is als ‘basaal’ risico dus continu al aanwezig, wanneer er dan een tijdleijke risicofactor bijkomt, kan dat tot trombose leiden. Daar door is de gemiddelde leeftijd lager dan bij willekeurige patiënten waarbij het basis risico gemiddeld lager zal liggen.

 

10.4     Stoppen met de anticonceptiepil.

Het gebruik van antistollingsmedicatie: heparine, coumarines.

Gebruik van elastische steunkous

Snel mobiliseren na operatie

Afvallen qua gewicht

 

11

11.1     Trombose is de vorming van een stolsel bestaande uit componenten van bloed tijdens het leven en in de circulatie.

of

Trombose is de vorming van een stolsel op de verkeerde plaats en op het verkeerde moment.

Qua definitie is er geen verschil tussen arteriëel en veneus, behoudens dan de lokatie.

 

11.2     Voornamelijk arteriëel:

roken, diabetes, hypercholesterolemie, hypertensie

Voornamelijk veneus:

de erfelijke risicofactoren zoals factor V Leiden, protrombine G20210A, proteïne C/S deficiëntie, antitrombine deficiëntie, immobilisatie, operaties, zwangerschap etc

 

11.3     Een arteriële trombus  bestaat voor een belangrijk deel uit trombocyten en ontstaat in kort tijdsbestek. Behandeling bestaat uit fibrinolyse (tPA, urokinase, streptokinase) en trombocytenaggregatieremmers (aspirine, clopidogrel, abciximab). Ook remming van fibrinevorming is effectief maar staat in het algemeen meer op de achtergrond in vergelijking met de behandeling van veneuze trombose (coumarines, (LMW)heparines).

Een veneuze trombus bestaat voor een belangrijk deel uit fibrine en rode bloedcellen, minder uit trombocyten en ontstaat in een lang tijdsbestek (dagen tot weken). Behandeling is gericht op verdere uitbreiding van de trombus door remming van fibrinevorming (coumarines, (LMW)heparines). Er wordt gestart met heparine (LMWH of ongefractioneerd) om direct effect te hebben en er wordt tegelijkertijd gestart met coumarine (in Nederland fenprocoumon/acenocoumarol) voor het effect op langere termijn. Bij voldoende instelling van de coumarines wordt de heparine gestopt. Fibrinolyse leidt bij ernstige, levensbedreigende longembolie mogelijk tot enige verbetering, niet bij trombosebeen. Geen trombocytenaggregatieremming.

 

 

Niet voor de buitenlandse studenten:

 

12

12.1     Poor               Extensive                    Ultra-fast           metabolizer van CYP2C9.

12.2     De patient is een poor metabolizer: dit betekent dat acenocoumarol (substraat) langzaam door het CYP2C9 enzym wordt omgezet. Hierdoor ontstaat een hoge concentratie en te groot effect (hersenbloeding).

 

13

13.1     Er zal een normaal behandeleffect van fluvoxamine zijn op de depressie. Nifedipine is geen remmer of inducer van de P450 enzymen, die fluvoxamine metaboliseren.

 

13.2     Er zal een verhoogd behandeleffect van nifedipine zijn op de bloeddruk: er wordt een lagere bloeddruk verwacht. Nifedipine wordt omgezet door CYP3A4. Fluvoxamine is een remmer van dit enzym, waardoor er minder nifedipine gemetaboliseerd wordt en dus in hogere concentraties aanwezig is.

 

 

Image

Access: 
Public

Image

Image

 

 

Contributions: posts

Help other WorldSupporters with additions, improvements and tips

Add new contribution

CAPTCHA
This question is for testing whether or not you are a human visitor and to prevent automated spam submissions.
Image CAPTCHA
Enter the characters shown in the image.

Image

Spotlight: topics

Image

Check how to use summaries on WorldSupporter.org

Online access to all summaries, study notes en practice exams

How and why would you use WorldSupporter.org for your summaries and study assistance?

  • For free use of many of the summaries and study aids provided or collected by your fellow students.
  • For free use of many of the lecture and study group notes, exam questions and practice questions.
  • For use of all exclusive summaries and study assistance for those who are member with JoHo WorldSupporter with online access
  • For compiling your own materials and contributions with relevant study help
  • For sharing and finding relevant and interesting summaries, documents, notes, blogs, tips, videos, discussions, activities, recipes, side jobs and more.

Using and finding summaries, study notes and practice exams on JoHo WorldSupporter

There are several ways to navigate the large amount of summaries, study notes en practice exams on JoHo WorldSupporter.

  1. Use the menu above every page to go to one of the main starting pages
    • Starting pages: for some fields of study and some university curricula editors have created (start) magazines where customised selections of summaries are put together to smoothen navigation. When you have found a magazine of your likings, add that page to your favorites so you can easily go to that starting point directly from your profile during future visits. Below you will find some start magazines per field of study
  2. Use the topics and taxonomy terms
    • The topics and taxonomy of the study and working fields gives you insight in the amount of summaries that are tagged by authors on specific subjects. This type of navigation can help find summaries that you could have missed when just using the search tools. Tags are organised per field of study and per study institution. Note: not all content is tagged thoroughly, so when this approach doesn't give the results you were looking for, please check the search tool as back up
  3. Check or follow your (study) organizations:
    • by checking or using your study organizations you are likely to discover all relevant study materials.
    • this option is only available trough partner organizations
  4. Check or follow authors or other WorldSupporters
    • by following individual users, authors  you are likely to discover more relevant study materials.
  5. Use the Search tools
    • 'Quick & Easy'- not very elegant but the fastest way to find a specific summary of a book or study assistance with a specific course or subject.
    • The search tool is also available at the bottom of most pages

Do you want to share your summaries with JoHo WorldSupporter and its visitors?

Quicklinks to fields of study for summaries and study assistance

Field of study

Follow the author: Vintage Supporter
Work for WorldSupporter

Image

JoHo can really use your help!  Check out the various student jobs here that match your studies, improve your competencies, strengthen your CV and contribute to a more tolerant world

Working for JoHo as a student in Leyden

Parttime werken voor JoHo

Statistics
476