Begrip

Definitie

Aerobisch

Een reactie dat in of met moleculaire zuurstof plaats vindt.

Aminozuur

Een organisch molecuul dat een amino- (NH) en een zuurgroep (-COOH) bevat. Aminozuren dienen als bouwstenen voor eiwitten. 

Anaerobisch

Een reactie dat zonder moleculaire zuurstof plaats vindt.

Archaea

Een enkel cellig organisme zonder een celkern. Qua uiterlijk en metaboliek gelijk aan een bacterie, maar op moleculair niveau is het meer gelijk aan de genetische principes van eukaryoten.

Bacteriën

Het is een soort dat onder de groep bacteria, een van de drie groepen uit de boom des levens, valt. Het heeft geen celkern en behoort daarom tot de eukaryoten.

Chloroplast

Een organel dat voorkomt in groene algen en planten dat chlorofyl bevat. Het voert fotosynthese uit.

Cytoskelet

een systeem van eiwitdraden in het cytoplasma van een eukaryotische cel. Het geeft de cel vorm en de mogelijkheid om te bewegen. Voorbeelden zijn actine filamenten, microtubules en bemiddelende filamenten.

Diploïde

Een organisme dat een dubbel genoom bevat. Er zijn twee paar homologe chromosomen en daardoor zijn er twee kopieën van elk gen.

DNA replicatie

Een proces waarbij een kopie van een DNA molecuul wordt gemaakt

Enzym

Een eiwit dat een specifieke, chemische reactie katalyseert. Hierbij wordt de benodigde hoeveelheid energie verlaagt, zodat de reactie eerder en/of sneller kan verlopen.

Eukaryoten

Een organisme dat één of meerdere cellen met een aparte celkern bevat. Één van de drie takken van de boom des levens.

Fagocytose

Een proces waarbij ongewilde cellen worden opgeslokt door een cel. 

Gen

Een deel van het DNA dat wordt vertaald als één gebied. Het draagt genetische informatie en codeert voor een eiwit of een RNA molecuul.

Genduplicatie

Een deel of een heel gen wordt verdubbeld. Hierna kan het evolueren, een andere functie krijgen of onnodig zijn.

Genetische overtolligheid

De aanwezigheid van twee of meer gelijke genen met overlappende functies.

Genoom

De totale genetische informatie in een cel of organisme.

Haploïde

Het hebben van een enkele kopie van het genoom, één paar chromosoom. Voorbeelden zijn een spermacel, een eicel of een bacterie.

Homoloog

Één van twee of meer genen die gelijk zijn qua sequentie dat aanduidt dat ze van een gelijke voorouder afstammen.

Horizontale transfer

Is een proces waarbij genetisch materiaal tussen tweeorganismen wordt uitgewisseld, zonder dat er een familierelatie is tussen de twee.

Intercellulaire transfer

zie horizontale transfer

Meiose

Speciale soort van celdeling dat plaatsvindt tijdens seksuele reproductie. Het bevat twee succesvolle celkern delingen met maar één ronde zodat eruit een diploïde cel een haploïde cel ontstaat.

Mitochondria

Een membraanomlegen organel, zo groot als een bacterie, dat oxidatieve fosforlisatie uitvoert en produceert de meeste ATP (energie) in een eukaryotische cel.

Model organisme

Een soort dat voor een lange en intensieve tijd is bestuurd en dient als model voor het verkrijgen van fundamentele biologische principes.

Mutatie

Een erfelijke verandering in de nucleotide sequentie van een chromosoom.

mRNA (messenger RNA)

Een RNA molecuul dat de aminozuur sequentie voor een eiwit huishoudt. Een complementaire kopie wordt geproduceerd in eukaryotische cellen door RNA polymerase. Het wordt vertaald door een gekatalyseerde reactie in ribosomen.

Nucleotide

Een nucleoside met één of meerdere fosfaatgroepen, samengevoegd door esterbindingen aan suikers. DNA en RNA zijn polymeren van nucleotides.

Ortholoog

Genen of eiwitten van verschillende soorten die gelijk zijn in sequentie, omdat dat de genen zijn van een gelijke voorouder.

Paraloog

Genen of eiwitten die gelijk zijn in sequentie, omdat ze het resultaat zijn van genduplicatie in een voorouderlijk organisme. 

Plasma membraan

De omliggende wand van een levende cel.

Plasmide

Een smalle, circulair extra chromosomaal stukje DNA dat onafhankelijk repliceert van het genoom. Bewerkte plasmiden worden gebruikt als vectoren bij het klonen van DNA.

Polypeptide

Een lineair polymeer van aminozuren. Eiwitten zijn grote polypeptides.

Prokaryoten

Een enkel-cellig organisme zonder celkern.

Protist

Een enkel-cellige eukaryoot. Voorbeelden zijn protozoa, algen en gist.

Protozoa

Vrijlevende of parasitaire, nonfotosynthetische, enkel-cellige eukaryotische organismen. Ze leven op bacteriën of andere micro organismen.

Ribosomaal RNA (rRNA)

Een specifieke vorm van RNA moleculen die een deel van het ribosoom vormen en helpen bij de eiwitsynthese. 

RNA (ribonucleic acid)

Een polymeer dat gevormd wordt door covalent gebonden ribonucleotide monomeren.

Transcriptie

Het kopiëren van een streng DNA in een complementaire RNA sequentie door het enzym RNA polymerase.

Transfer RNA (tRNA)

Kleine RNA moleculen die worden gebruikt bij de eiwitsynthese als een adapter tussen mRNA moleculen en aminozuren. Elk type tRNA behoort tot een specifiek aminozuur.

Translatie

Het proces waarbij de sequentie van nucleotiden in een mRNA molecuul van aminozuren naar eiwitten worden vertaald.

Virus

Een deeltje dat RNA en DNA bevat in een eiwitjasje en in staat is om een gastheercel binnen te dringen en te gebruiken. Vervolgens wordt het virus vermeerderd en verspreid, met behulp van de gastheercel.

Acetyl co-enzym A

Een klein, molecuul dat in water oplosbaar is en in de actieve status atomen draagt. Het co-enzym bevat door middel van een thio-ester binding een acetylgroep.

Activatie energie

Extra energie die moleculen nodig hebben om een reactie te volbrengen. 

Adenosine difosfaat (ADP)

Een nucleotide die geproduceerd wordt door hydrolyse van de terminale fosfaatgroep van een ATP-molecuul.

Adenosine trifosfaat (ATP)

Een nucleotide dat bestaat uit een adenine, een ribose (suiker) en drie fosfaatgroepen. Het is een energieleverancier die zeer veel gebruikt wordt in cellen. Wanneer een fosfaatgroep wordt losgelaten, komt er een hoge dosis energie vrij.

Atoom gewicht

In Dalton, zie moleculair gewicht.

Avogrado, het getal van

Een constante die de verhouding tussen het aantal deeltjes en de hoeveelheid stof aangeeft, het aantal deeltjes per mol.

Base

Een substantie die het aantal protonen in een oplossing kan reduceren. Hierbij accepteert de base een H⁺ of verliest een OH^-. De purines en pyrimidines van het DNA en RNA zijn organische stikstof basen.

Binding

Een binding tussen twee atomen. Dubbel: deze atomen delen meer dan één paar elektronen. Enkel: deze atomen delen één paar elektronen.

Chemische binding

Een chemische band om twee atomen aan elkaar te binden. Dit is een overkoepelende term voor covalente en noncovalente bindingen in levende cellen.

Citroenzuur cyclus

Is een metabolisch pad in aerobische organismen. Het oxideert acetylgroepen die verkregen zijn uit voedsel. Het zorgt voor geactiveerde dragers zoals NADH en FADH₂, GTP en afval zoals CO₂. Deze reactie vindt bij eukaryotische cellen plaats in de mitochondria.

Condensatie reactie

Een chemische reactie waarbij twee moleculen covalent gebonden worden door de verwijdering van water.

Covalente binding

Een stabiele, chemische binding tussen twee atomen die één of meerdere elektronenparen delen.

Deoxyribonucleic acid (DNA)

Een polynucleotide ketting gevormd door covalente bindingen tussen deoxyribonucleotides. DNA ligt in de cel, bevat de erfelijke informatie voor de opbouw van een organisme en wordt doorgegeven aan nakomelingen.

Diffusie

De verplaatsing van moleculen naar een gebied waar de concentratie lager is.

Eiwit

De grote macromoleculen waar een cel mee gebouwd wordt. Per eiwit is er een specifieke aminosequentie gebonden door peptidebindingen.

Elektron-transport ketting

Is een serie van reacties waarbij elektronen worden doorgegeven door elektron dragers, naar een gebied waar lagere energie levels zijn. Hierbij komt er energie vrij dat gebruikt kan worden bij verschillende processen. Deze transportatie vindt plaats in de mitochondria van eukaryotische cellen en in de chloroplasten van planten. 

Elektrostatische binding

Bindingen op basis van positief en negatief geladen deeltjes.

Entropie

Een thermodynamische kwantiteit die de hoeveelheid chaos of willekeurigheid in een systeem meet. Hoe hoger de entropie, hoe hoger de chaos.

Enzym

Een eiwit dat een specifieke chemische reactie katalyseert.

Evenwicht (equilibrium)

De stoffen zijn in evenwicht als de hoeveelheden die reageren, ieder moment op dezelfde hoeveelheid blijven hangen.

Evenwichts constante (K)

Is de ratio van voorwaartse en omgekeerde snelheid constantes van een reactie. Een reactie ziet er als volgt uit: A + B AB.

Flavin adenine dinucleotide (FADH₂)

Het is een elektrische drager in de citroenzuur cyclus. Een molecuul van FAD neemt twee elektronen en twee protonen op, zodat FADH₂ ontstaat.

Fermentatie

Een aerobisch energiepad. Hierbij wordt bijvoorbeeld een pyruvate omgezet in ethanol, met behulp van NADH naar Nad⁺. 

Fotosynthese

Is een proces waarbij planten, algen en sommige bacteriën gebruik maken van zonlicht om water en koolstof om te zetten in organische stoffen.

Fosfordi-ester binding

Een covalente chemische binding tussen twee waterstofgroepen en een fosfaatgroep, door middel van esterbindingen.

Geactiveerde dragers (activated carriers)

Een klein molecuul dat uitwisselbare energie draagt. Deze maken gebruik van een energierijke covalente binding. Voorbeelden zijn ATP, acetyl CoA, FADH2, NADH en NADPH. 

Gekoppelde reactie

Een gepaarde reactie waarbij de ene reactie energie levert voor de andere reactie.

Glycogeen

Is een polysaccharide dat alleen maar bestaat uit glucose eenheden. Glycogeen wordt gebruikt om energie op te slaan bij dieren. Deze zijn voornamelijk aanwezig in de lever en in de spieren.

Glycolyse

Hierbij worden suikergroepen helemaal uit elkaar gehaald om energie, ATP, te leveren.

Guanosine trifosfaat (GTP)

Een nucleoside trifosfaat dat gevormd wordt uit de fosforlatie van GDP. Het levert een hoop vrije energie op door de hydrolyse van een fosfaatgroep. GTP heeft een speciale rol bij de samenstelling van microtubules, eiwitsynthese en cel signalering.

Hydrofiel

Lost op in water en heeft water 'lief'.

Hydrofobische kracht

Een kracht dat wordt uitgevoerd door het netwerk van waterstofbindingen dat twee nonpolaire oppervlakten bij elkaar brengt, door het water daar tussen te verwijderen.

Hydrofoob

Lost niet op in water en heeft dit ook niet 'lief'.

Hydrogene binding

Een noncovalente binding waarbij een positief waterstofatoom gedeeld wordt door twee negatieve atomen.

Hydrolyse

Een covalente binding wordt doorbroken, door het toevoegen van water.

Hydronium ion

Een watermolecuul met een extra H⁺-atoom (H₃O).

Katalisatie

Een reactie waarbij de reactie-energie verlaagd wordt zodat de reactie sneller kan verlopen.

Lipide

Organisch molecuul dat onoplosbaar is in water, maar wel in nonpolaire organisch oplossingen. De fosforlipides zijn een speciale klasse en zorgen voor de membranen van cellen.

Lipide dubbellaag

Dit zijn de fosforlipides om het membranen heen. Ze hebben een dubbele laag van lipides. De binnenkant bevat de hydrofobe staarten en de buitenkant de hydrofiele koppen die in het water liggen.

Metabolisme

De som van alle chemische processen in een cel. Alle katabolisme en anabolisme bij elkaar opgeteld.

Mol

X gram van een substantie, waarbij X de relatieve moleculair massa is. Een mol bevat 6,02 x 10²³.

Moleculair gewicht

De massa van een molecuul, relatief gesteld aan de massa van een waterstof atoom. 

Molecuul

Samenstelling van atomen.

Nicotinamide adenine dinucleotide (NADP)

Een elektrondrager wat gebruikt wordt bij biosynthese, in plaats van katalytische processen.
Nicotinamide adenine dinucleotide fosfaat (NADPH): de gereduceerde versie van NADP.

Organische chemie

Is de subwetenschap van de chemie die zich bezighoudt met organische chemische verbindingen; met verbindingen die (vrijwel) altijd koolstofatomen bevatten.

Oxidatie

Is het tegenovergestelde van reductie. Het verliezen van elektronen tijdens de additie van een zuurstof atoom of tijdens het verwijderen van een waterstof.

Oxidatieve fosforlisatie

Een proces van bacteriën en mitochondriën waarbij ATP gemaakt wordt door het transporteren van elektronen door de elektron transport ketting richting moleculaire zuurstof. Betreft de wandeling van een proton langs een membraan en een chemisch-osmotische koppeling van een pH gradiënt aan een ATP. 

Peptide binding

Een chemische binding tussen een koolstofgroep van een aminozuur aan de aminogroep van een ander aminozuur. Dit is een speciale vorm van aminobindingen. Deze bindingen tussen aminozuren vormen de eiwitten.

PH schaal

De mate waarin een oplossing zuur, neutraal of basisch is. 

Polair

Het beschrijft een structuur, zoals een chemische binding, -groep of molecuul, dat aan de ene kant negatief is en aan de andere kant positief. Dit komt door de oneerlijke verdeling van elektronen. Polaire structuren zijn waarschijnlijk oplosbaar in water.

Polymerische moleculen

Grote moleculen, monomeren, gebonden door covalente bindingen.
 

Proton

Een positief geladen deeltje in een atoom. Het is een deel van de kern van een atoom.

Reductie

Is de additie van elektronen. Dit kan door het verliezen van een zuurstofatoom of door het toevoegen van een waterstofatoom aan een biologisch molecuul.

Respiratie

Is een algemene term voor reacties die energie leveren door de oxidatieve afbraak van suikers of andere organische moleculen. Het vereist de opname van zuurstof, terwijl het CO₂ en H₂O als afval produceert.

Ribonucleic acid (RNA)

Een polymeer dat gevormd is uit covalent gebonden ribonucleotide monomeren.

Stikstof fixatie

Een biochemisch proces dat uitgevoerd wordt door bepaalde bacteriën. Het proces betreft de reactie waarbij N₂ uit de atmosfeer in ammonia wordt omgezet.

Substraat

Een molecuul waarmee een enzym reageert.

Valentie

Het aantal elektronen dat een atoom moet verkrijgen of verliezen om de buitenste schelp vol te hebben. De valentie is gelijk aan het aantal enkele bindingen dat het atoom kan vormen.

Van der Waal-binding

Een type noncovalente binding dat gevormd wordt door een korte afstand tussen nonpolaire atomen.

Vet

Lipide vetopslag in cellen. Dit bestaat uit triglycerides: vetzuren met glycerol door esterbindingen.

Vrije energie (G)

De energie uit systemen om reacties mee te voeden. Deze term is overkoepelend voor energie en entropie. 

Zetmeel

Een polysaccharide dat gevormd wordt uit alleen maar glucose units. Dit is de energieopslag in planten.

Zuur

Een proton donor. In water lost een zuur op zodat het zijn H⁺ afstaat. Hierdoor ontstaat een H₃O⁺ en wordt de pH-waarde lager.

Actieve plaats

Een oppervlakte van een enzym waar een substraat bindt om de katalytische reactie te beginnen.

Allosterische eiwitten

Een verandering in de conformatie van een eiwit door een regulerende ligand of door covalente modificatie. De verandering in conformatie wijzigt de functie van het eiwit en kan zorgen voor beweging van het eiwit.

α-helix

Een veelvoorkomend vouwpatroon bij eiwitten. Hierbij vouwt een lineaire sequentie van aminozuren in een rechtshandige helix. Het wordt gestabiliseerd door interne waterstof bindingen tussen atomen die de 'ruggengraat' vormen.

Antigen

Een molecuul dat een adaptieve immuun respons kan geven of het bindt zich aan een antilichaam of T cel receptor.

Antilichamen

Een eiwit dat geproduceerd wordt door B cellen. Deze worden gemaakt wanneer een lichaamsvreemd molecuul of organisme de cel binnendringt. Deze kan zich aan het organisme binden zodat het inactief wordt of zodat het signalen afgeeft aan de fagocyten.

β-blad

Een veelvoorkomend vouwpatroon bij eiwitten. Hierbij lopen verschillende delen van een polypeptide ketting langs elkaar. De atomen zitten aan elkaar vast door waterstofbindingen.

Bindingsplaats

Een gebied op het oppervlakte van het molecuul, eiwit of nucleïnezuur, dat kan communiceren met een ander molecuul door een noncovalente binding.

Co-enzym

Een klein molecuul dat meehelpt met het katalyseren van een reactie, naast het werk van een substraat. Vaak binden deze twee door een covalente binding.

Conformatie

Een welbepaalde ruimtelijke ordening van de atomen in een chemische verbinding, die zich onderscheidt van andere ordeningen die mogelijk zijn door rotaties rond enkelvoudige bindingen.

Eiwit

De grote macromoleculen waar een cel mee gebouwd wordt. Per eiwit is er een specifieke aminosequentie gebonden door peptidebindingen.

Eiwitdomein

Een deel van een eiwit dat zijn eigen tertiaire structuur heeft. Grotere eiwitten bestaan uit meerdere domeinen. Elk domein zit vast aan de volgende door korte en flexibele delen van de polypeptide ketting. Homologe domeinen worden herkend in meerdere eiwitten. 

Eiwit subunit

Een individuele eiwitketting dat samen met meer eiwit subunits een eiwit vormt.

Evenwichtsconstante (K)

Is de ratio van voorwaartse en omgekeerde snelheid constantes van een reactie. Een reactie ziet er als volgt uit: A + B AB.

Feedback inhibitie

Het proces waarbij een product van een reactie, terug communiceert naar een eerdere stap in de reactie.

Gedraaide spiraal

Een stabiele structuur gevormd door twee of meer helixen om elkaar heen gedraaid. 

GTPases

Een enzym dat GTP omzet in GDP. 

GTP-binding eiwitten

Zie GTPase.

Katalist

Een substantie dat de reactie energie kan verlagen, zonder dat de katalist zelf gebruikt wordt.

Kantketting

Dit is het speciale gedeelte van een aminozuur dat het aminozuur zijn specifieke eigenschap of functie geeft. 

Klemlader

Helpt bij het positioneren van de polymerase/klem op het RNA.

Ligand

Een molecuul dat zich bindt aan een specifieke plaats van een eiwit of een ander molecuul.

Lysozym

Een enzym dat het knippen van een polysaccharide ketting katalyseert in de celwand van bacteriën.

Motor eiwitten

Een eiwit dat energie gebruikt dat verkregen is uit nucleoside trifosfaat hydrolyse om zichzelf langs een lineaire lijn te bewegen.

Polypeptide ruggengraat

De lijn van moleculen die gelijk aan elkaar zijn om de speciale moleculen te ondersteunen.

Proteoom

De werking van eiwitten.

Regulerende plaats

Een plaats waar een regulerend eiwit aanbindt om zo controle uit te voeren op de functie van een eiwit. 

SCF ubiquitin ligase

Is gevormd uit verschillende eiwitcomplexen. Een van de ligases die de celcyclus reguleert. Het zorgt dat remmende factoren (S-Cdks in G1) vernietigd worden, zodat de S-Cdks en DNA replicatie geactiveerd worden.

Streng leidend mismatch herstel

Herstel mechanismen die foute basen opsporen in de discontinue streng. Hierbij worden stukken waarin een foute basen en andere basen zitten, weggehaald en vervangen.

Structuur

Primair: de aminozuursequentie.
Secundair: bevat de α-helix en het β-blad.
Tertiar: een drie-dimensionaal complex van een gevouwen polymeerketting. Een voorbeeld is een eiwit of een RNA-molecuul.
Kwartair: de drie-dimensionale structuur van de verschillende polypeptide kettingen in een eiwitcomplex.

Substraat

Een molecuul waarmee een enzym reageert.

Stellage eiwitten

Een eiwit dat groepen bevat van intracellulaire signaleringseiwitten in een signaleringscomplex. Het bindt vaak het complex op een speciale locatie in de cel.

Transitie status

Een structuur die in de loop van een chemische reactie vormt, dat de hoogste vrije energie geeft. De formatie is een snelheidsbeperkende stap in de reactie.

Verbinding

Een relatie tussen elektronen, atomen of moleculen.

Antiparallel

Een beschrijving van de relatieve oriëntatie van de twee strengen in de DNA helix of van twee gepaarde polypeptide kettingen. De polariteit van de ene streng is in de tegenovergestelde richting georiënteerd ten opzichte van de andere streng.

Baseparen

Twee nucleotiden in een RNA- of een DNA-molecuul die bij elkaar worden gehouden door waterstofbindingen. G paart met C en A paart met T of U.

Celcyclus

De vaste volgorde van gebeurtenissen waarin een cel zijn chromosomen verdubbeld, en meestal ook andere celonderdelen, en vervolgens zichzelf splitst in tweeën. 

Centromeer

Een gebied op een mitotisch chromosoom dat zusterchromatiden bij elkaar houdt. Het is ook de plek waar de draden aanhechten om de chromatiden uit elkaar te trekken.

Chromatine

Een complex van DNA, histonen en nonhistone eiwitten in de kern van een eukaryotische cel. Het zijn de bouwstenen voor chromosomen.

Chromosoom

Een structuur dat gevormd is uit lange DNA strengen en bijbehorende eiwitten om de erfelijke informatie te dragen. Planten en diercellen zijn tijdens de mitose en meiose goed zichtbaar onder een lichtmicroscoop. Hierbij zijn er staafjes te zien. 

Complementair

(1) Een nucleotide zuur sequentie kan een basepaar complex vormen. (2) Een enzym en een substraat passen precies in elkaar, zodat de noncovalente bindingen makkelijker gevormd worden.

Deoxyribonucleic acid (DNA)

Een polynucleotide ketting gevormd door covalente bindingen tussen deoxyribonucleotides. DNA ligt in de cel, bevat de erfelijke informatie voor de opbouw van een organisme en wordt doorgegeven aan nakomelingen.

Dubbele helix

De drie dimensionale structuur van DNA waarbij twee antiparallel lopende DNA strengen rond draaien in een helix. De helix is verbonden door waterstofbindingen tussen de basen.

Epigenetische overerving

Overerving van fenotypische veranderingen in een cel of organisme die niet te wijten zijn aan veranderingen in de nucleotide sequentie. De veranderingen zijn wel te wijten aan genregulaties of aan erfelijke bewerkingen van chromatine structuren (zoals DNA methylatie of histon bewerking) zodat er heterochromatines ontstaan.

Euchromatine

Een gebied van een interfase chromosoom dat normaal verspreid is. 

Exon

Een deel van een eukaryotische sequentie dat gekopieerd wordt, zodat er mRNA ontstaat en vervolgens vertaald wordt in ribosomen tot aminozuren. Het is het tegenovergestelde van een intron.

Gen

Een deel van het DNA dat wordt vertaald als één gebied. Het draagt genetische informatie en is voor een enkel eiwit of een enkel RNA molecuul.

Genoom

De totale genetische informatie in een cel of van organisme.

Heterochromatine

Een gebied van een chromosoom dat zeer dicht of ongewoon verpakt zit waardoor het vaak onbruikbaar is voor replicatie.

Histon

Een groep van kleine eiwitten die rijk zijn aan arginine en lysine. Het zijn de kernen van nucleosomen waar DNA om heen zit gebonden in eukaryotische chromosomen.

Histoncode

Combinaties van chemische bewerkingen, methylatie en acetylatie aan histonen, die bepalen hoe en wanneer het DNA in de nucleosomen beschikbaar is.

Histon H1

Een eiwit dat zich bindt aan uitstekend DNA en vervolgens helpt om nucleosomen in te pakken in de 30 nm chromatine draad.

Homoloog

Een, twee of meer genen die gelijk zijn in sequentie doordat ze van dezelfde voorouder komen. De term is overkoepelend voor de begrippen ortholoog en paraloog.

Intron

Een niet coderend gebied in een eukaryotisch gen. Dit gedeelte wordt gekopieerd door een RNA molecuul, maar er uitgeknipt door RNA splicing voor de maak van mRNA of andere RNA moleculen.

Karyotype

Een vertoning van de volledige set aan chromosomen in een cel, gerangschikt op basis van grootte, vorm en nummer.

Lampbrush chromosoom

Het grootste chromosoom dat bekend is tijdens de meiose van amfibie eieren. Hierbij vallen er grote lussen buiten de lineaire as van het chromosoom.

Mitotisch chromosoom

Een gedupliceerd chromosoom dat zijn dubbelganger, chromatidezuster, nog aan zich heeft zitten door middel van het centromeer.

Nucleosoom

Een structuur dat zich bevindt in eukaryotische chromatines. Het wordt opgebouwd uit acht histonen met het DNA eromheen. Daarnaast is het de bouwsteen voor chromatines.

Polymorf

Beschrijft een gen met twee of meer allelen die beide veel voorkomen in de populatie.

Polyteen chromosoom

Een groot chromosoom waarbij het DNA meerdere malen is verdubbeld en vervolgens is dit in de cel blijven zitten.

Positie effecten

Verschillen in genexpressie die afhangen van de positie op het chromosoom en de chromatine structuur. Wanneer een gen naast een heterochromatine zit, is het waarschijnlijk dat dit gen niet meer toegankelijk is en ook niet meer zijn functie kan uitoefenen.

Pseudogen

Een DNA sequentie dat meerdere mutaties en verdubbelingen heeft ondergaan zodat een voorouderlijk gen inactief gesteld of nonfunctioneel wordt.

Replicatie origine

De locatie van een DNA molecuul waar de duplicatie van DNA begint.

Single-nucleotide polymorfisme (SNP)

Variatie op een specifieke plek in de DNA sequentie tussen individuen uit de populatie.

Telomeer

Is het uiteinde van een chromosoom. Het einde betreft een specifieke sequentie die op een speciale manier wordt gekopieerd. Het zorgt ervoor dat het chromosoom niet na elke replicatie korter wordt. 

Template

Enkel strengs DNA of RNA dat zijn nucleotide sequentie bloot geeft om de complementaire streng te maken.

Zuiverende selectie

Een vorm van natuurlijke selectie dat divergentie in de populatie tegengaat door deletiemutatie te verwijderen. 

Achterblijvende streng (lagging strand)

Één van de twee nieuw gevormde DNA strengen. Deze streng wordt gevormd door discontinue stukken, die later weer aan elkaar worden gevoegd door ligase.

Allel

Een alternatieve vorm van een gen. In een diploïde cel zitten genen met op elke loci een allel op een homoloog chromosoom.

Bacteriofaag

Een virus dat een bacterie infecteert. Fagen waren de eerste organismen die gebruikt werden om de moleculaire basis in de genetica te leggen. Op dit moment worden ze gebruikt als vectoren voor het klonen van DNA.

Base excisie herstel

Een manier van DNA herstel waarbij een foute base vervangen wordt door de juiste op basis van de template streng.

Conservatieve plaatsspecifieke recombinatie

De integratie van genen op speciale plaatsen.

DNA helicase

Een enzym dat gebruikt wordt bij het openen van de dubbele helix in een enkele streng zodat er replicatie mogelijk is.

DNA herstel

Een overkoepelende term van mechanismen waarbij foute basen verwijderd worden, de goede basen te plaatsen en alles weer vast te binden.

DNA ligase

Een enzym dat uiteinden van een streng samenvoegt door middel van een covalente binding. 

DNA polymerase

Een enzym dat nucleotiden bij elkaar brengt met behulp van een template streng.

DNA primase

Een enzym dat korte RNA stukjes maakt uit een DNA template streng om primers te vormen voor DNA replicatie.

DNA topoisomerase

Een enzym dat bindt aan DNA om fosfordi-ester bindingen te breken. Topoisomerase 1 zorgt voor een enkele breking zodat de helix-spanning losgelaten kan worden en deels open gaat. Topoisomerase 2 knipt tijdelijk een breking in beide strengen, zodat een helix erdoor heen past en zo ontvouwt.

DNA transposon

Een DNA segment dat zich verplaatst of verplaatst wordt naar een andere plek op het genoom door transpositie.

Genconversie

Een proces waarbij de informatie van een DNA sequentie een andere streng veranderd. Hierbij komen recombinatieprocessen te pas.

Glijdende klem

Een eiwit complex dat DNA polymerase aan de DNA streng vast houdt tijdens de replicatie.

Heteroduplex

Een DNA streng gevormd uit twee strengen van twee verschillende DNA moleculen.

Histon chaperon

Een eiwit dat bindt aan vrije histonen en ze weer loslaat als ze gebruikt worden om DNA op te rollen.

Homologe recombinatie

Genetische uitwisseling tussen een paar gelijke of zeer gelijke DNA sequenties.

Hybridisatie

Het proces waarbij twee complementaire strengen een DNA-DNA, DNA-RNA en RNA-RNA complex vormen. Het is een basis voor het vinden van specifieke nucleotide sequenties.

Kiemcel

Een cel dat de haploïde en hun diploïde precursorcellen bevat. De kiemcellen geven de informatie door aan nakomelingen en onderscheiden zich van somatische cellen (opbouw lichaam).

Kruisstreng uitwisseling (Holliday junction)

Een X-vormige structuur dat recombinatie ondergaat, waar twee DNA moleculen bij elkaar worden gehouden op de plek van de recombinatie.

Leidende streng

Een streng nieuw gevormd DNA in de 5'-3' richting. Dit is de streng dat bestaat uit één continu stuk.

Mutatie

Een erfelijke nucleotide verandering op een chromosoom.

Mutatiesnelheid

De constante snelheid van het aantal mutaties.

Non homologe eind aansluiting

Twee uiteindes worden aan elkaar gebonden.

Nonretrovirale soort retrotransposon

Een type wegwerpelement dat zich beweegt door middel van een RNA stuk. Door middel van omgekeerde transcriptase vormt er een complementair stuk DNA aan het RNA. Er vormt een tweede stuk complementair aan het DNA waarna het in het genoom wordt geplaatst. Hierdoor worden er vele virale DNA segmenten gemaakt door de gastheercel.

Nucleotide excisie herstel

Het herstelt het DNA op een beschadigde locatie door het beschadigde gedeelte eruit te knippen en op basis van de template streng de goede base in te voegen.

Omgekeerde transcriptase

Een enzym dat gevonden is in retrovirussen en dat dubbelstrengs DNA maakt van een enkelstrengs RNA stuk.

Origine herkenningscomplex

Een groot eiwit complex dat gebonden is aan replicatie origines tijdens de celcyclus in eukaryotische chromosomen.

RecA eiwit

Een prototype voor een klasse DNA-bindingseiwitten.

Replicatie origine

De plaats op een chromosoom waar de replicatie begint.

Replicatie vork

Een Y-vormig gebied tijdens de replicatie waar de helix uit elkaar wordt gehaald en de nieuwe dochterstrengen worden gevormd.

Retrovirale soort retrotransposon

Zijn een subgroep van wegwerp elementen die alleen in eukaryotische genomen voorkomen. Ze gebruiken omgekeerde transcriptase om zich voort te planten. Ze komen voornamelijk voor in planten.

RNA primer

Een klein stukje RNA dat gevormd wordt uit een DNA template. Het is nodig om de DNA synthese te starten.

S fase

Een periode in een eukaryotische cel waarin DNA gemaakt wordt.

Enkel-streng DNA bindings (SSB) eiwit

Een eiwit dat zich bindt aan de enkele strengen van een geopende DNA helix, zodat de helix niet weer terug vormt tijdens de replicatie.

Somatische cel

Elke andere cel in een organisme dat geen kiemcel is. Deze cellen zorgen voor de opbouw van het organisme. 

Telomerase

Een enzym dat telomeer sequenties verlengt. Dit gebeurt aan de uiteindes van eukaryotische chromosomen.

Transpositie

De verplaatsing van een DNA sequentie naar een andere plek in het genoom.

Algemene transcriptie factoren

Eiwitten die nodig zijn bij de promoter om de RNA polymerase te binden en te activeren, om vervolgens de transcriptie te beginnen.

Aminoacyl-tRNA synthetase

Een enzym dat de juiste aminozuren aan de juiste tRNA moleculen bindt om een aminoacyl tRNA te vormen.

Anticodon

Een sequentie van drie nucleotides lang op tRNA. Deze sequentie is complementair aan de mRNA sequentie.

Codon

Een sequentie van drie nucleotides lang in een DNA of mRNA molecuul. Deze representeren een bepaald aminozuur voor een polypeptide ketting.

DNA super draaien

Dit zijn extra bindingen die voor extra spanning zorgen in de dubbele helix. De helix kan in een negatief of een positief geladen spiraal gedraaid zijn.

Eukaryotische initiatie factor (EIF)

Een eiwit dat helpt om het initiator tRNA aan het ribosoom te binden; oftewel, de start van de translatie.

Exon

Een deel van een eukaryotische sequentie dat gekopieerd wordt, zodat er mRNA ontstaat en vervolgens vertaald wordt in ribosomen tot aminozuren. Het is het tegenovergestelde van een intron.

Exosoom

Is een afbraakmechanisme voor overgebleven en onvolwassen RNA moleculen. Dit bestaat uit 3’-5’ RNA exonucleases.

Genetische code

De sequentie van nucleotiden die coderen voor aminozuren, codons en eiwitten.

Initiatie tRNA

Een speciaal tRNA molecuul dat translatie begint. Het draagt altijd methionine (aminozuur) en vormt Met-tRNAi.

Intron

Een niet coderend gebied in een eukaryotisch gen. Dit gedeelte wordt gekopieerd door een RNA molecuul, maar er uitgeknipt door RNA splicing voor de maak van mRNA of andere RNA moleculen.

Leeskader

Een kader waarin nucleotiden per drie stuks worden gelezen. Een mRNA molecuul kan hierdoor op drie verschillende manieren gelezen worden, maar één manier geeft de juiste sequentie voor het benodigde eiwit.

Messenger RNA (mRNA)

Een RNA molecuul dat codeert voor de aminozuren voor de opbouw van eiwitten. Dit wordt geproduceerd bij eukaryoten door RNA polymerase en een DNA streng. 

Moleculaire chaperon

Een eiwit dat helpt bij het correct vouwen van andere eiwitten of tegen het verkeerd vouwen van eiwitten. Deze eiwitten bevatten hitte shock eiwitten (Hsp).

Nonsense medieer mRNA afbraak

Een mechanisme dat zorgt voor de afbraak van afwijkende mRNA moleculen die hun stop codons intern dragen, voordat ze vertaald worden.

Nuclear pore complex (NPC)

Een eiwit structuur dat een kanaal vormt vanuit de celkern richting het cytoplasma. 

Overeenkomstige nucleotide sequentie consensus

De meest typische en voorkomende sequenties in gelijksoortige DNA, RNA en eiwit sequenties. Het behoud van bepaalde eiwitten duidt op het feit dat deze een belangrijke functie hebben.

Prion ziekte

Een ziekte dat horizontaal verspreid wordt door een fout gevouwen eiwit. Een voorbeeld is de gekke koeienziekte. 

Promotor

Een DNA sequentie waar RNA polymerase aan bindt om de transcriptie te starten.

Proteasoom

Een groot eiwitcomplex in het cytosol dat verantwoordelijk is voor de afbraak van eiwitten door middel van proteolytische activiteit. De eiwitten worden gemarkeerd door ubiquitin.

Ribosomaal RNA (rRNA)

Een specifiek RNA molecuul dat zorgt voor de opbouw van ribosomen en deelneemt aan de eiwitsynthese. 

Ribosoom

Opgebouwd uit onder andere rRNA's voor de eiwitsynthese.

Ribozym

Een RNA molecuul met katalytische activiteit.

RNA polymerase

Een enzym dat voor de synthese van mRNA moleculen zorgt met behulp van een DNA streng. 

RNA polymerase holo-enzym

Een complex dat bestaat uit een bacterieel RNA polymerase enzym en de sigma factor.

Small nuclear RNA (snRNA)

Kleine RNA moleculen met extra eiwitten om snRNP's te vormen voor RNA splicing.

Spliceosoom

Een groot complex dat uit RNA en eiwit moleculen bestaat, dat pre-mRNA splicing uitvoert in eukaryotische cellen.

Tata box

Een sequentie op een promoter gebied, bij eukaryoten, dat algemene transcriptie factoren bindt om transcriptie te beginnen.

Terminator

Signalen vanuit bacterieel DNA dat de transcriptie stopt.

Transcriptie

Het kopiëren van een DNA streng in een complementaire RNA sequentie door het enzym RNA polymerase.

Transfer RNA (tRNA)

Kleine RNA moleculen die worden gebruikt bij eiwitsynthese als een adapter tussen mRNA en aminozuren. Elk type tRNA behoort tot een specifiek aminozuur.

Translatie

Het proces waarbij de sequentie van nucleotiden in een mRNA molecuul van aminozuren naar eiwitten worden vertaald.

Trans-splicing

Een vorm van RNA splicing dat voorkomt in maar een paar eukaryotische organismen, waarbij twee exonen samen worden gevoegd om een mRNA molecuul te vormen.

Alternatieve RNA splicing

De productie van verschillende RNA moleculen van hetzelfde gen, maar dan verschillend geknipt.

CG eilanden

Een DNA gebied dat relatief veel CG sequenties bevat en vaak ongemethyliseerd blijven.

Chromatine immunoprecipitatie (ChIP)

Een techniek waarbij chromosomaal DNA, gebonden aan een eiwit, geïsoleerd en geïdentificeerd kan worden. Dit wordt gedaan door een antilichaam te binden aan het eiwit.

Combinatie controle

Een beperkt aantal eiwitten kunnen combinaties met elkaar maken, omdat er anders teveel diversiteit en chaos ontstaat.

Cro eiwit

Een bacterieel eiwit dat concurreert met het lambda repressor eiwit.

DNA affiniteit chromatografie

Een techniek voor het zuiveren van DNA bindingseiwitten die binden aan specifieke sequenties. Ze binden aan lokaas om de juiste eiwitten te vinden.

Epigenetische overerving

Overerving van fenotypische veranderingen in een cel of organisme die niet te wijten zijn aan veranderingen in de nucleotide sequentie. De veranderingen zijn wel te wijten aan genregulaties of aan erfelijke bewerkingen van chromatine structuren (zoals DNA methylatie of histon bewerking) zodat er heterochromatines ontstaan.

Fase variatie

Komt in bacteriën voor en het zorgt ervoor dat DNA sequenties op verschillende manieren gelezen kan worden.

Gel mobiliteit shift assay

Een techniek voor het detecteren van eiwitten gebonden aan een speciale DNA sequentie. Het eiwit remt de migratie van het DNA door een gel tijdens gel elektroforese.

Gen

Een gebied DNA dat gekopieerd wordt als één unit en genetische informatie draagt dat doorgegeven wordt aan nakomelingen. Het kan voor een eiwit of een RNA molecuul coderen.

Gen controle gebied

Een aantal gekoppelde DNA sequenties die de expressie van een gen reguleren. Het bevat de promoter en de regulerende sequenties die nodig zijn om de transcriptie te starten.

Gen regulerende eiwitten

Een algemene term voor een eiwit dat bindt aan een DNA sequentie om de transcriptie van een gen te beïnvloeden.

Gen repressor eiwit

Schakelen genen uit en zorgen voor negatieve controle

Genomisch inprinten

Een fenomeen waarbij een gen, van een vader of moeder, wel of niet wordt geuit bij nakomelingen.

Helix-draai-helix motief

Een DNA bindingsmotief dat voorkomt in vele gen regulerende eiwitten. Het bevat twee helixen die aan elkaar gebonden zijn door een aminozuursequentie. Eiwitten met dit motief vormen vaak symmetrische dimeren en binden aan gelijke DNA sequenties.

Helix-loop-helix motief

Een DNA bindingsmotief dat voorkomt in vele gen regulerende eiwitten. Het bevat een helix en een grotere helix verbonden door een flexibele lus. De structuur zorgt ervoor dat twee HLH-eiwitten een complex kunnen vormen dat aan DNA bindt.

Homeodomein

Een DNA bindingsdomein dat een klasse gen regulerende eiwitten bevat die belangrijk zijn voor de ontwikkeling van een dier.

Interne ribosoom ingangskant (IRES)

Een specifieke plaats bij eukaryotisch DNA waar transcriptie begint. Dit is een andere plek dan het 5' einde.

Lambda repressor eiwit

Een bacterieel eiwit dat concurreert met het Cro eiwit.

Leucine rits motief

Een motief dat twee alpha helixen van andere eiwitten bindt in een gedraaide spiraal, om een eiwit dimeer te vormen.

Methylatie

Een methylgroep wordt vastgebonden aan een molecuul. Methylatie aan een DNA molecuul zorgt ervoor dat het niet meer leesbaar is.

Micro RNA (miRNA)

21-26 nucleotide lang eukaryotisch RNA dat gemaakt wordt door gespecialiseerde RNA transcripten. Ze reguleren gen expressie door het complementair paren van basen en mRNA. Hierdoor wordt uiteindelijk het mRNA afgebroken of de transcriptie wordt geblokkeerd.

mRNA degradatie controle

Selectieve afbraak van mRNA moleculen in het cytoplasma.

Negatieve controle

Een controle mechanisme waarbij de output van een reactie of pad een stap eerder in het pad inhibeert.

Operator

Een kort stukje op het genoom van een bacterie dat de transcriptie van een naastgelegen gen reguleert.

Operon

Een aantal naast elkaar gelegen genen op een bacterieel chromosoom die in een enkel mRNA molecuul worden gekopieerd.

Paren

Twee homologe chromosomen die naast elkaar komen te liggen tijdens meiose.

Positieve controle

Een controle mechanisme waarbij de output van een reactie of pad zijn eigen productie of activatie stimuleert.

Post-transcriptionele controle

Een algemene term voor gen expressie controle, nadat de transcriptie is begonnen.

Regulerend kerntransport

Transport van moleculen of eiwitten uit de kern.

Regulerende sequenties

DNA sequenties waar een gen regulerend eiwit aan bindt om de snelheid van de transcriptsamenstellingen te controleren. Dit vindt plaats bij de promoter.

RNA editing

Een proces waarbij pre-mRNA bewerkt wordt, de nucleotide sequentie verandert, door het invoegen, verwijderen of wijzigen van een nucleotide.

RNA interfereren (RNAi)

Een mechanisme waarbij dubbel strengs RNA voor sequentiespecifieke vernietiging van complementaire mRNA's zorgt. Het mechanisme, behouden in eukaryoten, verloopt door middel van korte dubbel strengs kleine interfererende RNA's (siRNA's), geproduceerd door endonucleolytische splitsing. De term RNAi wordt vaak algemeen gebruikt om ook de remming van genexpressie door miRNA's omvatten. RNAi wordt experimenteel gebruikt om de effecten van inactiverende specifieke genen te bestuderen.

RNA proces controle

De mate waarin het knippen en verwerken van RNA transcripten gereguleerd worden.

RNA transport en lokalisatie controle

De selectie van mRNA moleculen die getransporteerd worden richting een specifieke plaats in het cytosol.

Small interferering RNA (siRNA)

21-26 nucleotide lange sequenties van dubbel strengs RNA dat de gen expressie remt door het vernietigen van complementaire mRNA moleculen.

Transcriptie attenuatie

Het remmen van gen expressie door het vroegtijdig beëindigen van de transcriptie.

Transcriptionele controle

De mate waarin een gen gekopieerd wordt.

Translationele controle

De selectie van mRNA moleculen die vertaald mogen worden door ribosomen.

Tryptofaan repressor

Remt de transcriptie van tryptofaan genen, wanneer er tryptofaan in de cel aanwezig is.

X-inactivatie

De inactivatie van één van de twee X-chromosomen in somatische cellen, in een vrouwelijk zoogdier.

X-inactivatie centrum

De plaats op het X-chromosoom waar de inactivatie van het chromosoom begint, vaak het midden, en dat zich vervolgens richting de uiteindes verspreidt.

Zink vingers

Een DNA bindingsmotief dat voorkomt in vele gen regulerende eiwitten. Deze motieven gebruiken zinkmoleculen om de conformatie van het eiwit bij elkaar te houden.

Adaptatie

Het betreft de aanpassing van de gevoeligheid na een aantal stimulatieherhalingen achter elkaar. Een mechanisme dat ervoor zorgt dat een kleine verandering in stimuli, ondanks een omgeving vol met stimuli, toch een respons kan geven.

Adapter

Een algemene term voor een eiwit dat twee eiwitten bindt in een intracellulair signaleringspad of eiwitcomplex.

Adenylyl cyclase

Een membraan gebonden enzym dat de formatie van ATP naar cAMP katalyseert. Het is een belangrijk onderdeel in signaleringspaden.

Akt

Een serine/threonine eiwit kinase dat zorgt voor de signalen om groei en overleving van cellen te stimuleren, in Akt intracellulaire signaleringspaden.

AMP-afhankelijk eiwit kinase (PKA)

Een enzym dat bepaalde eiwitten fosforliseert, na een intracellulaire concentratie verhoging van cAMP.

Arrestin

Een kleine, maar belangrijke, eiwitfamilie voor het reguleren van signaal transductie.

Auxin

Een plant hormoon dat belangrijk is voor de groei en ontwikkeling.

ß-catenine

Een multifunctioneel cytoplasmisch eiwit dat betrokken is bij cadherin-medieer cel-cel adhesie, waarbij cadherins aan het actin cytoskelet worden gebonden. Het kan ook onafhankelijk werken als een gen regulerend eiwit. Dit eiwit is ook betrokken bij de ontwikkeling van dieren en is een onderdeel van het Wnt signaleringspad.

Bacteriële chemotaxis

Verschijnsel waarbij organismen zich verplaatsen door de verschillende concentratie hoeveelheden in een omgeving. Het vloeit naar of van een oplosbaar chemisch molecuul af.

Brassinosteroïde

Een plantenhormoon dat zorgt voor de aanmaak van vetzuren en eiwitten, maar stimuleert ook de fotosynthese.

Calmodulin

Een intracellulair Ca²⁺ bindingseiwit dat een grote conformatie verandering nodig heeft om aan Ca²⁺ te binden. Hierdoor kan het wel de activiteit van vele eiwitten reguleren. De actieve vorm wordt Ca²⁺/calmodulin genoemd.

Calmodulin afhankelijke kinase (CaM-kinase)

Een serine/threonine eiwit kinase dat geactiveerd is door Ca²⁺/calmodulin. Het medieert indirect de effecten van een Ca²⁺ concentratie verhoging in het cytosol, door bepaalde eiwitten te fosforliseren.

CAM-kinase 2

Ca²⁺/calmodulin afhankelijk eiwit kinase dat zichzelf en bepaalde eiwitten fosforliseert tijdens activatie.

Cdc42

Staat voor cell division cycle. Het is een eiwit dat de celcyclus reguleert.

Chemotaxis receptor

Een receptor dat bepaald of een cel wel of niet in de bepaalde oplossing kan blijven.

Contact-afhankelijk signaal

Een receptor dat fysiek contact moet hebben met een andere cel om het signaal door te geven.

CRE-binding (CREB) eiwit

Bindt aan de cAMP respons eiwitten om de transcriptie van de aankomende genen te reguleren.

Cryptochroom

Een flavo-eiwit dat reageert op blauw licht. Het is gevonden bij dieren en planten. Bij dieren zorgt het voor circadiaanse ritmes.

Cubitus interruptus (Ci)

Een zinkvinger dat transcriptie factoren bevat die betrokken zijn in het Hedgehog signaleringspad.

Cyclisch AMP (cAMP)

Een nucleotide dat gemaakt wordt uit ATP door adenylyl cyclase in opdracht van extracellulaire signalen. Het gedraagt zich als een intracellulair signaleringsmolecuul door het activeren van PKA. Het wordt AMP door fosfordi-esterase.

Cyclisch GMP

Nucleotide dat gevormd wordt door GTP en guanylyl cyclase in opdracht van verschillende extracellulaire signalen.

Cyclisch GMP fosfordi-esterase

Breekt cGMP af door het knippen van bindingen.

Cytokine receptor

Een extracellulair signaleringseiwit of peptide dat een lokale mediator is tijdens cel-cel communicatie.

Cytoplasmisch tyrosine kinase

Een enzym dat actief wordt door tyrosine-kinase receptoren op de oppervlakte van de cel. Het signaal wordt doorgegeven door de fosforlisering van bepaalde cytoplasmische eiwitten in tyrosine kantkettingen.

Desensitisatie

Zie adaptatie.

Diacylglycerol (DAG)

Een lipide dat gevormd wordt door het knippen van inositol fosforlipides in opdracht van extracellulaire signalen. Ze worden samengesteld uit vetzuurkettingen die gebonden worden door glycerol. Het helpt bij de activatie van PKC.

Dishevelled (Dsh)

Een familie van eiwitten die betrokken zijn bij canonieke en niet-canonieke Wnt signaalpaden. Dsh is een cytoplasmatisch fosforeiwit die direct stroomafwaarts van ‘frizzled’ receptoren werkt.

Efrine

Een membraan gebonden eiwit ligand voor de Eph receptor tyrosine kinases (RTK’s). Het stimuleert de afstoting of aantrekkings- responsen voor de migratie van cellen en axonen tijdens de ontwikkeling.

Efrine receptor (Eph receptor)

De receptor die het meest herkend wordt door Efrine.

Eiwit fosfatase

Eiwitten die, door middel van het toevoegen van fosfaatgroepen, moleculen knippen.

Eiwit kinase

Een enzym dat de terminale fosfaatgroep van ATP verplaatst naar een of meerdere specifieke aminozuren op een bepaald eiwit.

Eiwit kinase C (PKC)

Een Ca²⁺ afhankelijk eiwit kinase wordt geactiveerd door diacylglycerol en een verhoogde concentratie van Ca²⁺. Vervolgens fosforliseert het bepaalde eiwitten op serine of threonine residuen.

Eiwit tyrosine fosfatase

Een enzym dat fosfaatgroepen verwijdert van tyrosine residuen, die al eerder een extra fosfaatgroep hadden gekregen.

Endocriene cellen

Een gespecialiseerde cel bij dieren dat een hormoon uitscheidt in het bloed. Dit soort cellen zijn vaak de bouwstenen van klieren.

Enzym gekoppelde receptor

Een oppervlakte-cel receptor dat een cytoplasmisch domein heeft dat enzymatisch is of in contact staat met een enzym. In beide gevallen wordt de enzymatische activiteit gestimuleerd door een extracellulair ligand aan de receptor.

Ethyleen

Het is een bouwsteen voor andere moleculen.

Extracellulaire signaal moleculen

Een signaal dat bindt aan een receptor en daarmee de activiteit in een cel reguleert.

Focal adhesion kinase (FAK)

Een cytoplasmisch tyrosine kinase dat betrokken is bij celadhesie en het verspreiden van cellen.

Fosfatidylinositol 4,5-bisfosfaat [PI(4,5)P2 of PIP2]

Een membraan inositol fosforlipide dat geknipt wordt door fosforlipase C in IP₃ en diacylglycerol. Het wordt gefosforliseerd door Pi 3-kinase om PIP₃ plaatsen voor signalen te maken.

Fosforinositide 

Een lipide dat een gefosforlyseerde inositol afgeleide bevat. Het is een klein component van het plasma membraan, maar belangrijk voor markeringen op celoppervlaktes weghalen en intracellulaire signaal transductie bij eukaryoten.

Fosfoinositide 3-kinase (PI 3-kinase)

Een membraan gebonden enzym dat onderdeel is in het Pi 3-kinase/Akt intracellulair signaleringspad. Het fosforliseert om PIP₃ plaatsen te maken voor binnenkomende signalen.

Fosforlipase

Een membraan gebonden enzym dat inositol fosforlipide knipt om IP₃ en diaglycerol te produceren in het inositon fosforlipide signaleringspad. PLCβ wordt geactiveerd door GPCR’en door G eiwitten en PLCγ wordt geactiveerd door RTK’s.

Fosforlisatie

Het toevoegen van een fosfaatgroep.

Fosforlisatie cascade

Een aantal fosforlisaties gemedieerd door een aantal eiwit kinases. Telkens wordt de volgende fosfaatgroep toegevoegd en kinase geactiveerd in de ketting.

Fototropin

Receptoren die reageren op blauw licht om de fotosynthese in planten te optimaliseren.

Fytochroom

Is een plantpigment, dat betrokken is bij het waarnemen van licht en werkt als een lichtsensor. Hierdoor wordt het dag- en nachtritme geregeld en gaat de plant naar het licht toegroeien als het in de schaduw komt te staan.

G-eiwit

Zie trimerische GTP-bindingseiwit.

G eiwit signaleringsregulatoren (RGS)

Het bindt aan het α-subunit, om de G-eiwit medieer responses bij eukaryoten inactief te stellen.

GPCR

Een G eiwit gekoppelde receptor dat geactiveerd wordt door een ligand van buitenaf. Vervolgens activeert het G-eiwit een enzym of ionkanaal.

Groei factor

Een extracellulair signaal dat een cel kan stimuleren om te groeien. Ze helpen daarnaast cellen om te overleven.

GTP-bindingseiwit

Een enzym dat GTP omzet in GDP. Deze vallen in twee families: 1) trimerische eiwitten die bestaan uit drie complexen en binden GPCR’en aan enzymen of ionkanalen en 2) monomerische GTPases die bestaan uit één unit en zenden een signaal opnieuw uit. De laatste groep krijgt opdrachten van vele receptoren en zitten in veel signaleringspaden.

GTPase activeringseiwit (GAP)

Een eiwit dat bindt aan een GTPase en vervolgens de activiteit remt waardoor het enzym gehydrolyseert wordt van GTP naar GDP.

Guanine nucleotide exchange factor (GEF)

Een eiwit dat bindt aan een GTPase en activeert het door een GDP af te laten staan, zodat GDP kan binden.

Histidine-kinase-associatie receptor

Een transmembraan receptor, bij bacteriën, gist en planten, dat betrokken is bij bijvoorbeeld bacteriële chemotaxis.

Hedgehog eiwit

Een extracellulair signaleringsmolecuul dat vele rollen heeft bij celdifferentiatie en gen expressie. De signalen komen vrij tijdens de embryonale-, maar ook in de volwassen tijd. Overmatige Hedgehog signalen kunnen kanker veroorzaken.

Hormonen

Een signaalmolecuul dat uitgescheiden wordt door endrocriene cellen in het bloed. Hierdoor kunnen er lange-afstandssignalen door worden gegeven.

IHog

Ze functioneren als co-receptoren voor Hedgehog eiwitten, net zoals Patched.

IkB

Houden NFkB eiwitten inactief.

Inhiberend G-eiwit (Gi)

Een trimerisch G eiwit dat ion kanalen kan reguleren en het enzym adenylyl cyclase in het plasma membraan.

Inositol 1,4,5-trifosfaat (IP3)

Een klein intracellulair signaleringsmolecuul dat geproduceerd wordt tijdens activatie van het inositol fosforlipide signaleringspad. Het zorgt voor de vrijlating van Ca²⁺ vanuit het ER in het cytoplasma.

Inositol fosforlipide signaleringspad

Een intracellulair signaleringspad dat begint bij de activatie van fosforlipase C. Hierbij ontstaat IP3 en diacylglycerol (DAG) van inositol fosforlipides in het plasma membraan. DAG activeert onder andere eiwit kinase C.

Intracellulair signaleringseiwit

Een eiwit dat betrokken is bij een signaleringspad binnen in de cel. Het activeert meestal het volgende eiwit in het pad of ontwikkelt een kleine intracellulaire mediator.

Interactie domein

Regelt de interactie tussen de intracellulaire signaleringseiwitten.

Ion-kanaal gekoppelde receptor

Wordt gebruikt bij elektrisch geladen signalen, zoals bij spieren of zenuwen.

IP3-poort Ca²⁺-vrijlaat kanaal

Zie IP3 receptor.

IP3 receptor

Poortvormige Ca²⁺ kanaal in het ER dat wordt geopend door de binding van IP3 uit het cytosol. Hierbij komt Ca²⁺ vrij.

Janus kinase (JAK)

Een cytoplasmisch tyrosine kinase dat STAT moleculen fosforliseert, en daarmee activeert.

Kern receptor superfamilie

Intracellulaire receptoren voor hydrofobe signaleringsmoleculen, zoals steroïde en thyroïde hormonen en retinoïnezuur. Het receptor-ligand complex werkt als een transcriptie factor in de celkern.

Kleine intracellulaire bemiddelaars

Een molecuul dat gevormd of vrijgelaten wordt voor actie door middel van een extracellulair signaal. Het zorgt voor de heruitzending van een signaal. Voorbeelden zijn cAMP, cGMP, IP₃ Ca²⁺ en DAG.

Kloof verbinding (gap junction)

Een kanaal tussen cellen zodat ionen en kleine moleculen verdeelt kunnen worden tussen de twee cytoplasma’s.

LDL-receptor eiwit

Staat voor ‘low density lipoprotein’ en heeft te maken met de cholesterol huishouding.

Leucine-rijk herhalings receptor kinase

Een veel voorkomende serine/threonine kinase receptor in planten dat vele leucine herhalingen bevat in het extracellulaire gedeelte.

Lokale bemiddelaar

Een uitgescheiden signaleringsmolecuul dat werkt op omringende cellen.

MAP-kinase

Een eiwit kinase aan het eind van een drie component signaleringsmodule. Ze zijn betrokken bij het heruitzenden van signalen van het plasma membraan richting de celkern.

Monomerisch GTPase

Bevat één subunit en zendt signalen van celoppervlakte receptoren opnieuw uit. Daarnaast heeft het rollen in intracellulaire signaleringspaden. Ze regelen de transportatie en signalering richting het cytoskelet. Het wordt actief met gebonden GTP en inactief met gebonden GDP.

Morfogen

Een signaleringsmolecuul dat een hele groep cellen een patroon kan opleggen, waardoor verschillende groepen cellen verschillende functies krijgen.

Neurotransmitter

Een klein signaleringsmolecuul dat vrijkomt in de synaptische spleet tussen twee neuronen.

NFkB eiwit

Een latent gen regulerend eiwit dat geactiveerd wordt door verschillende intracellulaire signaleringspaden wanneer cellen in stressvolle of ontstekingssituaties zijn. Het heeft ook een grote rol tijdens de ontwikkeling van een dier.

Notch

Een receptor door het membraan heen dat het lot van cel bepaalt tijdens de ontwikkeling van een dier. Een voorbeeld is de specificatie van zenuwcellen in het ectodermal epithelium. De ligand moleculen binden aan het oppervlakte (Delta of Serrate).

Olfactorische receptor

Een receptor dat cilia bevat waar geurmoleculen aan binden om vervolgens doorgegeven te worden.

Paracrine signalering

Lokale communicatie tussen cellen.

Patched

Zit twaalf keer door het membraan heen en bindt zich aan het Hedgehog eiwit.

PI-3-kinase-Akt-pad

Het geeft signalen aan cellen om te groeien op basis van een serine/threonine eiwit kinase TOR (mTOR bij zoogdieren). Het bestaat uit twee complexen: mTOR complex 1 en mTOR complex 2.

Plant hormonen

Signaleringsmoleculen die helpen om de groei en ontwikkeling van planten te coördineren. Voorbeelden zijn ethyleen en auxin.

Pleckstrin homoloog (PH) domein

Een eiwit domein in intracellulaire signaleringseiwitten. Sommige PH-domeinen binden aan fosfatidylinositol 3,4,5-trifosfaat; dit wordt geproduceerd door PI 3-kinase. Het signaleringseiwit wordt richting het plasma membraan gebracht wanneer PI 3-kinase actief is.

Positieve feedback loop

Een controle mechanisme waarbij het eindproduct van een reactie of pad zichzelf stimuleert of activeert.

Primaire cilium

Een kleine, enkele, onbeweeglijk cilium zonder dynein dat opborrelt vanuit het centriool en op het plasma membraan gaat zitten om signalen te geven. Sommige signaleringseiwitten zitten in het primaire cilium.

Rac

Een belangrijk lid uit de Rho familie.

Ras

Monomerisch GTPase uit de Ras super familie. Het zorgt voor de heruitzending van signalen van celoppervlakte RTK receptoren richting de celkern. Voornamelijk worden er signalen doorgegeven om celdeling te stimuleren.

Ras superfamilie

Een grote familie van monomerische GTPases waarbij Ras als prototype dient.

Receptor

Een eiwit dat een signaleringsmolecuul, ligand, bindt en een respons in de cel in gang zet. Sommigen bevinden zich op het plasma membraan, maar anderen bevinden zich in de cel.

Receptor tyrosine kinase (RTK)

Een celoppervlakte receptor met een extracellulair ligand-bindingsdomein en een intracellulair kinase domein dat signaleringseiwitten fosforliseert aan tyrosine residuen.

Regulator van G-eiwitsignalering (RGS)

Een GAP dat bindt aan een G eiwit en de GTPase activiteit versterkt. Dit zorgt voor een limiet aan signalen van G eiwitten.

Rho

Een lid van de Rho eiwit familie

Rho eiwit familie

Een familie van monomerische GTPases in de Ras superfamilie dat betrokken is bij signalen van en naar het cytoskelet.

Rhodopsin

Een membraaneiwit uit de GPCR familie dat werkt als een lichtsensor in staafreceptoren in de retina. Het bevat licht gevoelige retinol.

Ryanodine receptor

Receptoren die geblokkeerd kunnen worden door ryanodine. Ze zorgen voor het samentrekken van spieren en zitten op het ER.

Serine/threonine kinase

Een enzym dat bepaalde eiwitten fosforliseert op serines of threonines.

SH2 domein

Src homoloog gebied 2. Een eiwit domein dat voorkomt bij vele signaleringseiwitten. Het bindt aan korte aminozuursequenties die een fosfortyrosine bevatten.

Signaleringscascade

Een sequentie van gekoppelde intracellulaire reacties. Ze worden gestimuleerd door een geactiveerde celoppervlakte receptor en versterken vaak ook de signalen tijdens de verschillende stappen.

Smad familie

Een latent gen regulerend eiwit dat gefosforliseerd, en geactiveerd, is door serine/threonine kinasen. Het draagt het signaal van het celoppervlakte naar de celkern.

Smoothened

Een GPCR dat onderdeel is van het Hedgehog circuit en voorkomt bij fruitvliegjes en mensen.

Staaf fotoreceptor

Een fotoreceptor cel in de retina van een gewerveld dier dat verantwoordelijk is voor beeld zonder kleur in het donker.

STAT

Staat voor ‘signal transducer and activator of transcription’. Latent gen regulerend eiwit dat geactiveerd en gefosforliseerd wordt door JAK’s. Het betreedt de celkern in opdracht van leden uit de cytokine receptor familie.

Stellingseiwit (scaffold)

Een eiwit dat intracellulaire signaleringseiwitten in groepen bindt in een signaleringscomplex. Vaak wordt dit complex in de cel ergens vast gezet.

Steroïde hormonen

Hydrofobische lipide moleculen met een vier-ring structuur. Het wordt gemaakt uit cholesterol. Vele hormonen, zoals cytosol, estrogeen en testosteron, zijn steroïdes die intracellulaire celkernreceptoren activeren.

Stikstofoxide (NO)

Een signaleringseiwit in gasvorm dat gebruikt wordt tijdens cel-cel communicatie bij dieren en planten.

Stikstofoxide synthase (NOS)

Een enzym dat NO maakt door middel van de deaminatie van arginine.

Stimulerend G-eiwit (Gs)

Een G eiwit dat na activatie adenylyl cyclase (enzym) activeert en daarmee de productie van cAMP stimuleert.

Synaptische signalering

Communicatie tussen neuronen door middel van transmitteroverdracht in de synaptische spleet.

Transformerend groeifactor-ß (TGFß) superfamilie

Een grote familie van eiwitten die zich gedragen als hormonen en lokale mediatoren om veel verschillende functies in dieren te controleren. Het is belangrijk tijdens de ontwikkeling van een dier en wordt structureel afgegeven. Leden zijn TGFβ/activin en bot morfogenetisch eiwit (BMP).

Trimerisch GTP-bindingseiwit

Een eiwit met GTPase activiteit dat GPCR’en aan enzymen bindt. Hierdoor wordt een ion- of een enzymkanaal actief in het plasma membraan.

Tweede bezorger

Zie kleine intracellulaire bemiddelaars.

Tyrosine kinase

Een enzym dat bepaalde eiwitten op tyrosines fosforliseert.

Wnt eiwit

Een lid van een familie van uitgescheiden signaleringseiwitten die verschillende rollen hebben tijdens celdifferentiatie, celtoename en gen expressie bij dierlijke embryo’s en volwassen weefsel.

Wnt/ß-catenine pad

Een signaleringspad dat geactiveerd wordt door een Wnt eiwit aan een celoppervlakte receptor. Het pad heeft verschillende richtingen. Activatie van de grootste richting, kanoniek, zorgt voor een verhoging van β-kanoniek moleculen. Zij dringen de celkern binnen om gen expressie te reguleren voor celdifferentiatie en celtoename. Een te grote activatie van dit pad kan kanker veroorzaken.

Calcium pomp

Een speciaal ion kanaal voor het toelaten of verwijderen van calcium ionen.

Calmodulin

Een intracellulair Ca²⁺ bindingseiwit dat een grote conformatie verandering nodig heeft om aan Ca²⁺ te binden. Hierdoor kan het wel de activiteit van vele eiwitten reguleren. De actieve vorm wordt Ca²⁺/calmodulin genoemd.

Cel-associatie signaleringsmoleculen

Moleculen die op het oppervlakte zitten van het plasma membraan en geven alleen signalen door als ze fysiek contact hebben met andere cellen.

Cel-impermeant

Moleculen die uitgescheiden worden en aan receptoren binden. Voornamelijk steroïdes.

Cel-permeant

Moleculen die uitgescheiden worden, binden aan receptoren en hierbij signalen in de cel vrijgeven.

Eiwit fosfatase

Eiwitten die fosfaatgroepen van andere eiwitten of moleculen verwijderen.

Eiwit kinase

Eiwitten die fosfaatgroepen aan andere eiwitten of moleculen toevoegen.

Endocriene

Lange-afstandssignalen door middel van hormonen.

Enzym gekoppelde receptor

Een oppervlakte-cel receptor dat een cytoplasmisch domein heeft dat enzymatisch is of in contact staat met een enzym. In beide gevallen wordt de enzymatische activiteit gestimuleerd door een extracellulair ligand aan de receptor.

G eiwit

Een eiwit met GTPase activiteit dat GPCR’en aan enzymen bindt. Hierdoor wordt een ion- of een enzymkanaal actief in het plasma membraan.

G eiwit gekoppelde receptoren

Een G eiwit gekoppelde receptor dat geactiveerd wordt door een ligand van buitenaf. Vervolgens activeert het G-eiwit een enzym of ionkanaal. Deze zorgen daarna voor meerdere activiteiten en signalen in de cel.

GTP-bindingseiwit

Zie G eiwit.

Heterotrimerische G eiwitten

Klasse 1 van G eiwitten dat een α-, een β- en een γ-unit bevatten. De actieve vorm laat het α-unit los, door middel van GTP, om responsen in de cel te starten.

Intracellulaire receptoren

Deze receptoren worden geactiveerd door cel permeante of lipofilische signaleringsmoleculen. Hierbij ontstaan signaleringscascades en de productie van mRNA. Dit gebeurt doordat het signaal het inhibitie complex los laat.

Intracellulaire signaal transductie

Signalen doorgeven binnen in de cel.

Inositol trifosfaat (IP3)

Is een calciumkanaal dat vooral voorkomt in het membraan van het endoplasmatisch reticulum van cellen in hetcerebellum.

Kanaal gekoppelde receptor

Bevatten een bindingsplaats aan de buitenkant van de cel en kunnen een kanaal openen voor een ion.

Kleine G eiwitten

Zie monomerische G eiwitten.

Monomerische G eiwitten

Eiwitten die signalen opnieuw uitzenden in de cel richting andere eiwitten of tweede boodschappers.

Na⁺/Ca²⁺ wisselaar

Na²⁺ wordt uit de cel gehaald, terwijl Na⁺ in de cel wordt toegelaten.

NGF

Zie zenuwgroei factor.

Onmiddellijk vroeg gen

Genen die als eerste worden gekopieerd en vertaald, zodat ze vertraagde respons genen kunnen activeren voor transcriptie.

Paracrine

Lokale communicatie tussen cellen.

Promoter

Start sequentie dat nodig is voor translatie en waar de RNA polymerase aan bindt.

Ras

Een tweede boodschapper die helpt bij differentiatie en toename van cellen.

Ryanodine receptor

Receptoren die geblokkeerd kunnen worden door ryanodine. Ze zorgen voor het samentrekken van spieren en zitten op het ER.

Signaal versterking

Een signaal zorgt ervoor dat vele andere eiwitten, enzymen en tweede boodschappers geactiveerd worden.

Transcriptie activator eiwitten

Eiwitten die zorgen voor het starten van de transcriptie

Transcriptie factoren

Zie transcriptie activator eiwitten.

Tweede boodschappers

Een molecuul dat gevormd of vrijgelaten wordt voor actie door middel van een extracellulair signaal. Het zorgt voor de heruitzending van een signaal. Voorbeelden zijn cAMP, cGMP, IP₃ Ca²⁺ en DAG.

Vertraagde respons genen

Genen die geactiveerd worden nadat onmiddellijk vroege genen gemaakt zijn.

Zenuwgroei factor

Zorgt voor differentiatie, overleving en synaptische connecties tussen sympathische en sensorische neuronen