Stationstoets Medische microbiologie - Geneeskunde - VU (2013-2014)

• Gram-stain tutor

• Practicum Huidflora, hygiëne en desinfectie

• Practicum Infectie en inflammatie

• Practicum Gastro-intestinale infecties en infectiepreventie

• College Gastro-intestinale infecties en COO Gastro-intestinale infecties

• Practicum urineonderzoek

• Voorcollege urineonderzoek

• Voorcollege Fluor Vaginalis

• Praktische microbiologie

Gram-stain tutor

De afbeeldingen zijn afkomstig uit de Gram-stain tutor, gemaakt Brad T. Cookson et all, University of Washington Department of Laboratory Medicin, te vinden op Blackboard. Zie bijlage.

Practicum huidflora, hygiëne en desinfectie

Transiënte flora bestaat uit een sterk wisselende microflora die op de huid komt door contacten. Met het desinfecteren van de handen kan de transiënte flora worden verwijderd. De huid heeft ook een residentie flora, die niet volledig kan worden af gewassen.

Bij de diagnostiek van bacteriële infectieziekten kan een Grampreparaat worden gemaakt om te onderzoeken welke bacterie de infectie veroorzaakt. Een Grampreparaat heft alleen zin als er op de plek van de infectie normaliter weinig bacteriën voorkomen, zoals in het sputum (uit de diepte opgehoest) of uit de liquor. Ook pus kan worden onderzocht met een Grampreparaat. Een Grampreparaat van bloed heeft geen zin omdat er een te laag aantal bacteriën in het bloed aanwezig is. Met een Gramkleuring kan onderscheid worden gemaakt tussen Grampositieve en Gramnegatieve bacteriën. Er kan ook een Ziehl-Neelsen kleuring worden gemaakt. Hierbij worden Mycobacteriën aangekleurd.

Vaak vallen pathologische bacteriën niet op tijdens de commensale bacteriën, omdat de commensale bacteriën overheersen. Er moet dan een kweek worden gemaakt, zodat de pathologische bacterie zich kan vermeerderen.

Bacteriële infecties worden behandeld met antibiotica. Er zijn echter steeds meer bacteriesoorten die resistent zijn voor bepaalde antibiotica. Deze resistentie kan vooraf worden bepaald met de agardiffusie methode. De bacterie wordt hierbij over een petrischaaltje verspreid. Er worden vier kwadranten gemaakt, met in elk kwadrant een schijfje met een antibioticum. Het antibioticum diffundeert in de agar en remt de groei van de bacteriën. Hierdoor ontstaat rond het schijfje een remmingshof. De diameter van dit hof is een maat voor de gevoeligheid van de bacterie voor dat soort antibioticum.

Parasitaire infecties bij kinderen

Pediculus humanus capitis, ook wel hoofdluis, is een veelvoorkomende parasitaire infectie bij basisschool kinderen. Het beestje is 2-4 mm groot. Door de beten van de luis ontstaat jeuk. Een vrouwtje legt ongeveer 4-8 eitjes per dag. Deze plakt ze vlak boven de hoofdhuid aan een haar. Een vrouwtje leeft ongeveer 1 maand.

Bij kinderen komt ook een infectie met Enterobius vermicularis (aarsworm) regelmatig voor. Het is een rondworm van ongeveer 1 cm lang. Het vrouwtje legt eitjes op het perineum en sterft daar. De larves komen uit en kruipen in het rectum of in de vagina. Dit geeft ernstige jeuk. Door het krabben komen de eitjes on der nagels, en via daar weer in de mond. Zo ontstaat auto-infectie. De behandeling bestaat uit mebendazol 100mg tablet of suspensie op dag 1 en 14 voor het gehele gezin.

Practicum Infectie & inflammatie

Een bacteriepreparaat kan gekleurd worden met een Gramkleuring. Bij Grampositieve bacteriën blijft de paarse kleuring zitten door een kristalviolet-lugol binding. Dit komt door de dikke peptidoglycaan laag. Gramnegatieve bacteriën houden de kleurstof niet vast en worden vervolgens met een waterige fuchsine kleuring roze gekleurd.

Meestal geldt dat Stafylokokken (druiventros) en Streptokokken (keten) Grampositief zijn en losse kokken en diplokokken gram negatief.

Om een bacterie goed te kunnen onderzoeken na een kweek moet het monster worden rein gestreken op het petrischaaltje. Dit wordt gedaan met een entoog. Uiteindelijk kunnen bij deel D de koloniën worden onderzocht. In een kolonie zijn alle bacteriën identiek. Koloniën op een bloedagarplaat met een groene verkleuring zijn α-hemolytische koloniën. Wanneer er om de kolonie een lege kring ontstaat in de schapenbloed gaat het om een β-hemolytische bacterie.

Naast deze kweek en een gramkleuring kan ook een katalasetest worden uitgevoerd. Bij deze test worden wat bacteriën van de agarplaat in H₂O₂ gedaan. Wanneer de bacteriën katalase bevatten, ontstaan er bubbeltjes. Een katalasepositieve bacterie is meestal een stafylokok. Een katalasenegatieve bacterie is meestal een streptokok. Bij katalasepositieve bacteriën voer je vervolgens een coagulase test uit. Wanneer deze bacterie in contact komt met plasma, gaat het plasma klonteren. Een coagulase positieve bacterie is een S. aureus.

Vaatdoekjes

Op een vaatdoekje zitten vaak vele huishoudbacteriën, huidflora en faecesbacteriën.

De bacteriën Salmonella, Shigella, Yersinia en Campylobactoer (SSYC) kunnen voedselinfecties veroorzaken. Een voedselinfectie ontstaat een paar dagen na het eten van het besmette voedsel. Een voedselvergiftiging ontstaat door toxines van een bacterie, zoals de Clostridium Botulinum, Staphylococcus aureus en Bacillus serieus. Een vergiftiging ontstaat al na een paar uur.

Clostridium difficile is een bacterie die pseudomembraneuze colitis kan veroorzaken. De bacterie neemt de overhand in de darmen wanneer de normale flora wordt uitgeroeid door antibiotica, vooral clindamycine is hierom bekend.

Urineweginfecties

Urineweginfecties ontstaan vaak door besmetting vanuit feces, de vulva of het preputium. Meestal is de verwekker E. coli, maar ook infectie met Proteus mirabilis en andere darmbacteriën komt voor. Urine is over het algemeen steriel, maar het wordt bevuild met bacteriën uit de urethra en vulva. Om deze reden wordt voor urineonderzoek een gewassen midstream gebruikt. Hierbij is de eikel of de vulva met water en zeep gewassen en wordt de urine pas in de middenstroom opgevangen. Bij een hoeveelheid van ≥ 10⁵ bacteriën/ml is er sprake van een urineweginfectie.

Met een dipslide kan snel worden bepaald hoeveel bacteriën er aanwezig zijn en of het om een Grampositieve of Gramnegatieve bacterie gaat.

Vaak kan niet op basis van een Grampreparaat of kweek worden bepaald om wat voor bacterie het precies gaat. Om dat te bepalen moet worden gekeken naar specifieke eigenschappen van de bacterie:

• Het vermogen om aëroob dan wel anaëroob te groeien

• Het vermogen om te groeien bij bepaalde temperaturen

• Behoeften aan bepaalde voedingsstoffen

• Vermogen om te groeien in aanwezigheid van remstoffen

• Biochemische karakteristieken, zoals het vermogen bepaalde substraten om te zetten, of bepaalde stoffen te produceren

Deze eigenschappen kunnen worden bepaald met behulp van een speciaal systeem, zoals het Crystal systeem.

Malaria

Men moet bij alle patiënten met koorts die in een malaria endemisch gebied zijn geweest, denken aan malaria. De diagnose kan worden gesteld met een dikke druppel bloedonderzoek. Daarnaast wordt een bloeduitstrijkje gemaakt voor eventuele identificatie.

Er zijn verschillende soorten malaria parasieten. De Plasmodium vivax veroorzaakt de malaria tertiana benigna. Dit is de goedaardige variantie. De Plasmodium falciparum veroorzaakt een maligne vorm van malaria: malaria tropica. Serologie en PCR worden bij de diagnostiek van malaria zelden toegepast.

Practicum Gastro-intestinale infecties en infectiepreventie

In alle gevallen moeten algemene voorzorgsmaatregelen worden genomen. Deze bestaan uit persoonlijke hygiëne (nagels kort, haar vastgebonden etc.), handhygiëne (met zeep of desinfecterende alcohol) en persoonlijke beschermingsmiddelen (handschoenen, spatbril etc).

Naast de algemene maatregelen kunnen ook speciale maatregelen worden genomen. Zo kan een patiënt in isolatie worden gelegd wanneer de patiënt besmet is met een zeer besmettelijk micro-organismen die bij infectie grote gevolgen heeft. Er worden verschillende soorten isolatie onderscheiden.

Contactisolatie: bij overdracht via direct contact of contact met lichaamsvloeistoffen. Er wordt onderscheid gemaakt tussen contactisolatie 1 en 2. Bij contactisolatie 1 ligt de patiënt op een afgesloten éénpersoonskamer, er worden handschoenen en schorten gedragen en de handen worden 2x met zeep gewassen bij het verlaten van de kamer. Bij contactisolatie 2 worden de handen alleen gedesinfecteerd en mag de patiënt op een open éénpersoonskamer verblijven.

Druppelisolatie: bij overdracht via druppels (niezen/hoesten). Bij druppelisolatie ligt de patiënt op een open éénpersoonskamer, draagt de verzorger een FFP2 mond/neusmasker voordat het de kamer binnenkomt. Buiten de kamer gaat het masker weer af en worden de handen gedesinfecteerd met alcohol.

Aërogene isolatie: bij overdracht via aërosolen (zeer kleine druppels). Ook bij deze isolatie wordt onderscheid gemaakt tussen aërogene isolatie 1 en 2. Bij aërogene isolatie 1 ligt de patiënt in een éénpersoonskamer met sluis en onderdruk, de ramen zijn gesloten. De verzorger/bezoeker doet een FFP2 mond/neusmasker op in de sluis. Bij het verlaten van de kamer en na het afdoen van het masker in de sluis moeten de handen gedesinfecteerd worden. Dit gebeurt bij verdenking op TBC. Voor aërogene isolatie 2 geldt dat een FFP2 masker alleen hoeft te worden gebruikt wanneer men zelf de infectie nog niet heeft doorgemaakt.

Strikte isolatie: een combinatie van contactisolatie en druppel/aërogene isolatie. Hiervan is sprake bij patiënten met een bewezen MRSA infectie, patiënten uit een buitenlands ziekenhuis waarvan de uitslag van de sneltest nog niet bekend is of patiënten met contacten met varkens of mestkalveren, waarvan de uitslag van de sneltest nog niet bekend is. Bij strikte isolatie 1 moet de patiënt in een éénpersoonskamer met sluis en onderdruk, met de ramen gesloten. In de sluis worden handschoenen, schort, chirurgisch mond/neusmasker en muts aangedaan. Bij het verlaten van de kamer gaan de handschoenen uit en worden de handen gedesinfecteerd. In de sluis mag de rest van de beschermende kleding uit en wordt opnieuw gedesinfecteerd. Bezoekers hoeven alleen hun handen te desinfecteren bij het verlaten van de kamer, zij hoeven verder geen beschermende maatregelen te treffen. Bij strikte isolatie 2 wordt een FFP2 mond/neusmasker gebruikt indien de verzorger de infectie niet zelf heeft doorgemaakt.

Beschermende isolatie: bij deze vorm van isolatie wordt niet de omgeving, maar de patiënt beschermd. Het gaat hierbij om een kwetsbare patiënt (bijv. na een transplantatie). De patiënt ligt op een éénpersoonskamer met de deur gesloten, het liefst met overdruk. De bezoekers en verzorgers moeten hun handen desinfecteren. Daarnaast moeten de voorwerpen in de kamer vooraf gedesinfecteerd worden.

Een patiënt met waterpokken moet tussen de 8^ste en 21^ste dag na het waterpokkencontact in aërogene isolatie. Bij het uitbreken van de blaasjes wordt overgegaan op strikte isolatie, totdat alle blaasjes zijn ingedroogd.

Het norovirus is een zeer besmettelijk virus waarbij de patiënt diarree heeft en (explosief) braakt. Het is een zeer acute infectie met een korte incubatie tijd. De patiënt moet in contactisolatie 1. Ook een patiënt met Clostridium difficile moet in contactisolatie 1.

College Gastro-intestinale infecties en COO Gastro-intestinale infecties

College: Gastro-intestinale infecties, door Thecla A.M. Hekker ,21 oktober 2013

Gastro-intestinale infecties worden veroorzaakt door virussen (rota-, norovirus) of bacterieën (SSYCCC, ETEC). Een voedselvergifitging wordt veroorzaakt door toxines van bacteriën, zoals van S. aureus of C. botulinum. Daarnaast komen ook parasieten in de darm voor. Voorbeelden zijn Entamoba histolytica, Giardia lamblia, Coccidiën, Microsporidiën, Ascaris (spoelworm), mijnwormen, Trichuris (zweepworm) en lintwormen. Ascaris kan ook in de longen voorkomen. Daarnaast kan de Paragonimus (longbot) in de longen voorkomen.

Voor de diagnostiek van een parasitaire infectie wordt gebruik gemaakt van feces (microscopie, antigeenbepaling, PCR) of serologie. Wanneer feces onder de microscoop wordt onderzocht, kunnen bij protozoa cysten en trofozoïeten gevonden worden, en bij wormen eieren, larven of een (deel van) een worm.

Voor de behandeling geldt over het algemeen dat protozoa worden behandeld met metronidazol of clioquinol. Lintwormen worden behandeld met niclosamide, zuigwormen met praziquantel, rondwormen met mebendazol/albendazol en de draadworm S. stercoralis met ivermectine.

Taenia

Taenia is een cestode (plat-/lintworm). De worm is hermafrodiet. Er zijn 2 soorten: de Taenia solium en de Taenia saginata. De Taenia solium is de varkenslintworm en kan cysticercosis veroorzaken. De Taenia sagniatie is de runderlintworm en is minder gevaarlijk. De Taenia solium kan je oplopen door het eten van onvoldoende verhit, besmet varkensvlees. Het vlees bevat dan cysticercusblazen. In de darm groeit de worm uit. Hij kan tot wel 10 meter lang worden.

Schistosoma

Schistosoma is een trematode (zuigworm). Er zijn 5 verschillende soorten. Elke soort kan op een andere plaats in het lichaam voorkomen. De schistosomen worden verspreid via waterslakken. De sporocyten worden door de slakken uitgescheiden, waarna ze bij de mens door de huid heen naar binnen kruipen. De wormen vormen paartjes, waarbij het mannetje volledig om het vrouwtje heen gevouwen ligt. Het S. mansoni wormenpaartje nestelt zich in de plexus mesenterica superior. Wanneer ze ergens anders in het lichaam terechtkomen, kunnen ze granulomen vormen.

De diagnostiek gaat aan de hand van serologie, feces/urine of weefselbiopten (granulomen)

Giardia Lamblia (duodenalis of intestinalis)

De Giardia Lamblia kan de oorzaak zijn van pijn in de bovenbuik of malabsorptieverschijnselen (doordat ze de darmmucosa bedekken). Het komt vooral voor bij kinderen. Het protozoa bindt zich aan de darmwand met behulp van een zuignap. Door de schade die ze hiermee aanrichten ontstaan ontstekingen en overgevoeligheidsreacties. Hierdoor kan villusatrofie ontstaan, waardoor er malabsorptie ontstaat. De cysten en trofozoïeten kunnen in de feces worden aangetoond. De behandeling is met metronidazol.

Ascariasis Lumbricoides

Dit is een mensenspoelworm die zeldzaam is in Nederland. Men eet de eitjes, die zich in de aarde bevinden. De eitjes komen uit in de dunne darm, waarna de laven de darmwand doorboren en via de bloedbaan in de lever en het hart en uiteindelijk in de longen terechtkomen. De gaan door de alveolaire wand en ze komen vervolgens in de keelholte. De patiënt slikt de larven weer door, waarna ze in de dunne darm uitgroeien tot volwassen wormen.

In de feces kunnen eitjes worden aangetoond. De behandeling bestaat uit mebendazol.

Enterobius vermicularis

De enterobius vermicularis is de aarsmade, waar eerder ook al over is gesproken. Het komt vooral bij kinderen voor. Overdracht is feco-oraal. De eitjes worden gelegd op het perineum. De behandeling is met mebendazol.

Trichuriasis

De Trichuris trichiura is een zweepworm die in Nederland bijna niet meer voorkomt. Besmetting gaat via eieren in de aarde. De volwassen wormen voeden zich met weefsel van de darmwand, waardoor ontstekingsreacties kunnen ontstaan. De eitjes komen binnen via de mond en komen uit in de dunne darm. De behandeling is met mebandazol.

Practicum Urineonderzoek

Voor het urineonderzoek kunnen verschillende soorten urinemonsters worden gebruikt. Hieronder een overzicht van de verschillende soorten:

Willekeurig: dit monster wordt het meest gebruikt. Het uiterlijk van de urine kan beoordeeld worden, er kan een chemische analyse plaatsvinden, onderzoek op eiwitcilinders, kristallen en cellen.

Eerste ochtend urine: deze urine wordt vooral gebruik voor het aantonen van nitriet en eiwit. Het is geschikt voor microscopisch onderzoek. Waar echter rekening mee moet worden gehouden is dat de glucose bepaling minder nauwkeurig is door bacteriën en dat eiwitcilinders gedegenereerd zijn.

Midstream urine (nuchter): deze urine is uitermate geschikt voor een bepaling van de glucose waarde en voor bacteriologisch onderzoek.

Postprandiaal (middag urine): deze urine wordt 2 uur na de maaltijd afgenomen, om de glucose te bepalen.

Periodiek (multipele monsters): de 2-uursurine kan gebruikt worden voor een urobilinogeen bepaling. Een 24-uurs urine kan gebruikt worden voor kwantitatieve bepalingen van de urine.

Het is belangrijk een sediment zo snel mogelijk (max binnen 2 uur) te onderzoeken, omdat ander de erytrocyten, leukocyten en celcilinders kunnen vergaan of kunnen vervormen. Opslag van materiaal kan max. 24 uur bij 4-8 graden.

In het urinesediment kunnen een klein aantal erytrocyten, leukocyten en plaveiselepitheel cellen worden aangetroffen. Dit is fysiologisch. Wanneer deze cellen in grotere hoeveelheden voorkoen, kan het pathologisch zijn. Ook pathologisch zijn cilinders.

Erytrocyten in de urine: wanneer er dysmorfe erytrocyten of erytrocyten cilinders in de urine worden aangetroffen, zit er een probleem in de nieren. Normale erytrocyten duiden vaker op een urologische oorzaak van hematurie. Wanneer >40% van de erytrocyten dysmorf is, is er waarschijnlijk sprake van een nefrologische oorzaak van de hematurie.

Met een teststrook kan de urine op verschillende eigenschappen worden onderzocht: het soortelijke gewicht, de pH, leukocyten, nitriet, eiwit, glucose, ketonen, urobilinogeen, bilirubine en bloed.

Voorcolleges Urineonderzoek & Fluor Vaginalis

• College: Het Kwalitatieve urineonderzoek, door J.C.Th. Meeues, 26 november 2013

Alle plaatjes komen uit Foto Diffex ® DUS , ISBN 90 373 0397 8, F.H.J.M. Cilessen en W. van der Meer.

• College: Fluor vaginalis, door Thecla A.M. Hekker, 26 november 2013

Alle plaatjes komen van asm.org

Zie bijlage

Praktische microbiologie

Huidinfectie

Huidinfecties worden meestal veroorzaakt door S. aureus. Vaak kan de diagnose op basis van de kliniek gesteld worden. Soms is bepaling van de ziekteverwekker nodig, met behulp van een kweek en een katalase/oxidase test.

Pneumonie

Je denkt aan een pneumonie bij kortademigheid, hoesten, koorts etc. De bacteriële verwekker is meestal de S. pneumoniae. Je neemt ’s ochtends sputum af, omdat het sputum accumuleert wanneer de patiënt in bed ligt. Het sputum wordt ingestuurd voor een kweek. Meestal wordt ook serologie gedaan.

Urineweginfectie

De patiënt geeft klachten over vaak het gevoel te hebben te moeten plassen, pijn bij het plassen en steeds kleine beetjes plassen. Bij verdenking op een UWI, vraag je de patiënt wat urine op te vangen. Er wordt een middenstroom urine gebruikt. Hier wordt vervolgens een dipslide van gemaakt, het kan onder de microscoop worden bekeken en er kan evt. een kweek worden opgezet.

Sepsis/endocarditis

Bij een sepsis en/of endocarditis wordt altijd een bloedkweek gedaan. Omdat de infectie in het bloed zit, zijn er waarschijnlijk genoeg bacteriën in het bloed.

Diarree

Bij diarree kan er sprake zijn van allerlei infecties. Je kan wat feces afnemen en dat insturen voor een kweek of PCR. Wanneer je denkt aan een parasiet moet de feces onder de microscoop worden bekeken.

Wanneer de diarree zeer snel na het eten ontstaat, denk je aan een voedselvergiftiging. Wanneer de diarree pas later ontstaat, kan er sprake zijn van een voedsel infectie. De oorzaak is vaak Salmonella, Shigella, Yersinia of Campylobacter.

Malaria

Bij malaria neem je bloed af voor een dikke druppel onderzoek. Hiermee kan de diagnose malaria worden gesteld. Vervolgens wordt er een bloeduitstrijkje gemaakt om te differentiëren tussen de verschillende malaria soorten.

Dengue

Dengue is een virus infectie. Symptomen zijn malaise, koorts, hoofdpijn, arthralgie, misselijkheid en braken. De diagnostiek vindt plaats met serologie.

Buiktyfus

Vaak is er geen diarree, maar obstipatie. De patiënt heeft koorts, voelt zich niet lekker en heeft moeite met ademen. S. typhi wordt uitgescheiden in de feces, dus er wordt een feces kweek gedaan.

Strongyloidiasis

De strongyloides wordt uitgescheiden in de feces. De larven kunnen worden aangetoond onder de microscoop. Als er geen larven kunnen worden gevonden, maar er is wel verdenking voor de diagnose, kan serologie worden uitgevoerd.

Lues/Syfilis

Syfilis start met de primaire fase, waarbij laesies aan de genitaliën zichtbaar zijn. Na de secundaire fase kan er een latente fase zijn van 3-30 jaar, waarna de ziekte in de tertiaire fase kan terugkeren. Waarschijnlijk kan deze bacterie zo lang in het lichaam overleven omdat hij zichzelf heeft omringd met een laag van lipiden.

De T. pallidum is moeilijk te kweken, dus diagnostiek vindt plaats met behulp van microscopie en serologie.