Join with a free account for more service, or become a member for full access to exclusives and extra support of WorldSupporter >>
Deze samenvatting is gebaseerd op het studiejaar 2013-2014.
Begrippenlijst
1. Cellen en genomen
Begrip | Definitie |
Aerobisch | Een reactie dat in of met moleculaire zuurstof plaats vindt. |
Aminozuur | Een organisch molecuul dat een amino- (NH) en een zuurgroep (-COOH) bevat. Aminozuren dienen als bouwstenen voor eiwitten. |
Anaerobisch | Een reactie dat zonder moleculaire zuurstof plaats vindt. |
Archaea | Een enkel cellig organisme zonder een celkern. Qua uiterlijk en metaboliek gelijk aan een bacterie, maar op moleculair niveau is het meer gelijk aan de genetische principes van eukaryoten. |
Bacteriën | Het is een soort dat onder de groep bacteria, een van de drie groepen uit de boom des levens, valt. Het heeft geen celkern en behoort daarom tot de eukaryoten. |
Chloroplast | Een organel dat voorkomt in groene algen en planten dat chlorofyl bevat. Het voert fotosynthese uit. |
Cytoskelet | een systeem van eiwitdraden in het cytoplasma van een eukaryotische cel. Het geeft de cel vorm en de mogelijkheid om te bewegen. Voorbeelden zijn actine filamenten, microtubules en bemiddelende filamenten. |
Diploïde | Een organisme dat een dubbel genoom bevat. Er zijn twee paar homologe chromosomen en daardoor zijn er twee kopieën van elk gen. |
DNA replicatie | Een proces waarbij een kopie van een DNA molecuul wordt gemaakt |
Enzym | Een eiwit dat een specifieke, chemische reactie katalyseert. Hierbij wordt de benodigde hoeveelheid energie verlaagt, zodat de reactie eerder en/of sneller kan verlopen. |
Eukaryoten | Een organisme dat één of meerdere cellen met een aparte celkern bevat. Één van de drie takken van de boom des levens. |
Fagocytose | Een proces waarbij ongewilde cellen worden opgeslokt door een cel. |
Gen | Een deel van het DNA dat wordt vertaald als één gebied. Het draagt genetische informatie en codeert voor een eiwit of een RNA molecuul. |
Genduplicatie | Een deel of een heel gen wordt verdubbeld. Hierna kan het evolueren, een andere functie krijgen of onnodig zijn. |
Genetische overtolligheid | De aanwezigheid van twee of meer gelijke genen met overlappende functies. |
Genoom | De totale genetische informatie in een cel of organisme. |
Haploïde | Het hebben van een enkele kopie van het genoom, één paar chromosoom. Voorbeelden zijn een spermacel, een eicel of een bacterie. |
Homoloog | Één van twee of meer genen die gelijk zijn qua sequentie dat aanduidt dat ze van een gelijke voorouder afstammen. |
Horizontale transfer | Is een proces waarbij genetisch materiaal tussen tweeorganismen wordt uitgewisseld, zonder dat er een familierelatie is tussen de twee. |
Intercellulaire transfer | zie horizontale transfer |
Meiose | Speciale soort van celdeling dat plaatsvindt tijdens seksuele reproductie. Het bevat twee succesvolle celkern delingen met maar één ronde zodat eruit een diploïde cel een haploïde cel ontstaat. |
Mitochondria | Een membraanomlegen organel, zo groot als een bacterie, dat oxidatieve fosforlisatie uitvoert en produceert de meeste ATP (energie) in een eukaryotische cel. |
Model organisme | Een soort dat voor een lange en intensieve tijd is bestuurd en dient als model voor het verkrijgen van fundamentele biologische principes. |
Mutatie | Een erfelijke verandering in de nucleotide sequentie van een chromosoom. |
mRNA (messenger RNA) | Een RNA molecuul dat de aminozuur sequentie voor een eiwit huishoudt. Een complementaire kopie wordt geproduceerd in eukaryotische cellen door RNA polymerase. Het wordt vertaald door een gekatalyseerde reactie in ribosomen. |
Nucleotide | Een nucleoside met één of meerdere fosfaatgroepen, samengevoegd door esterbindingen aan suikers. DNA en RNA zijn polymeren van nucleotides. |
Ortholoog | Genen of eiwitten van verschillende soorten die gelijk zijn in sequentie, omdat dat de genen zijn van een gelijke voorouder. |
Paraloog | Genen of eiwitten die gelijk zijn in sequentie, omdat ze het resultaat zijn van genduplicatie in een voorouderlijk organisme. |
Plasma membraan | De omliggende wand van een levende cel. |
Plasmide | Een smalle, circulair extra chromosomaal stukje DNA dat onafhankelijk repliceert van het genoom. Bewerkte plasmiden worden gebruikt als vectoren bij het klonen van DNA. |
Polypeptide | Een lineair polymeer van aminozuren. Eiwitten zijn grote polypeptides. |
Prokaryoten | Een enkel-cellig organisme zonder celkern. |
Protist | Een enkel-cellige eukaryoot. Voorbeelden zijn protozoa, algen en gist. |
Protozoa | Vrijlevende of parasitaire, nonfotosynthetische, enkel-cellige eukaryotische organismen. Ze leven op bacteriën of andere micro organismen. |
Ribosomaal RNA (rRNA) | Een specifieke vorm van RNA moleculen die een deel van het ribosoom vormen en helpen bij de eiwitsynthese. |
RNA (ribonucleic acid) | Een polymeer dat gevormd wordt door covalent gebonden ribonucleotide monomeren. |
Transcriptie | Het kopiëren van een streng DNA in een complementaire RNA sequentie door het enzym RNA polymerase. |
Transfer RNA (tRNA) | Kleine RNA moleculen die worden gebruikt bij de eiwitsynthese als een adapter tussen mRNA moleculen en aminozuren. Elk type tRNA behoort tot een specifiek aminozuur. |
Translatie | Het proces waarbij de sequentie van nucleotiden in een mRNA molecuul van aminozuren naar eiwitten worden vertaald. |
Virus | Een deeltje dat RNA en DNA bevat in een eiwitjasje en in staat is om een gastheercel binnen te dringen en te gebruiken. Vervolgens wordt het virus vermeerderd en verspreid, met behulp van de gastheercel. |
2. Celchemie en biosynthese
Acetyl co-enzym A | Een klein, molecuul dat in water oplosbaar is en in de actieve status atomen draagt. Het co-enzym bevat door middel van een thio-ester binding een acetylgroep. |
Activatie energie | Extra energie die moleculen nodig hebben om een reactie te volbrengen. |
Adenosine difosfaat (ADP) | Een nucleotide die geproduceerd wordt door hydrolyse van de terminale fosfaatgroep van een ATP-molecuul. |
Adenosine trifosfaat (ATP) | Een nucleotide dat bestaat uit een adenine, een ribose (suiker) en drie fosfaatgroepen. Het is een energieleverancier die zeer veel gebruikt wordt in cellen. Wanneer een fosfaatgroep wordt losgelaten, komt er een hoge dosis energie vrij. |
Atoom gewicht | In Dalton, zie moleculair gewicht. |
Avogrado, het getal van | Een constante die de verhouding tussen het aantal deeltjes en de hoeveelheid stof aangeeft, het aantal deeltjes per mol. |
Base | Een substantie die het aantal protonen in een oplossing kan reduceren. Hierbij accepteert de base een H+ of verliest een OH-. De purines en pyrimidines van het DNA en RNA zijn organische stikstof basen. |
Binding | Een binding tussen twee atomen. Dubbel: deze atomen delen meer dan één paar elektronen. Enkel: deze atomen delen één paar elektronen. |
Chemische binding | Een chemische band om twee atomen aan elkaar te binden. Dit is een overkoepelende term voor covalente en noncovalente bindingen in levende cellen. |
Citroenzuur cyclus | Is een metabolisch pad in aerobische organismen. Het oxideert acetylgroepen die verkregen zijn uit voedsel. Het zorgt voor geactiveerde dragers zoals NADH en FADH2, GTP en afval zoals CO2. Deze reactie vindt bij eukaryotische cellen plaats in de mitochondria. |
Condensatie reactie | Een chemische reactie waarbij twee moleculen covalent gebonden worden door de verwijdering van water. |
Covalente binding | Een stabiele, chemische binding tussen twee atomen die één of meerdere elektronenparen delen. |
Deoxyribonucleic acid (DNA) | Een polynucleotide ketting gevormd door covalente bindingen tussen deoxyribonucleotides. DNA ligt in de cel, bevat de erfelijke informatie voor de opbouw van een organisme en wordt doorgegeven aan nakomelingen. |
Diffusie | De verplaatsing van moleculen naar een gebied waar de concentratie lager is. |
Eiwit | De grote macromoleculen waar een cel mee gebouwd wordt. Per eiwit is er een specifieke aminosequentie gebonden door peptidebindingen. |
Elektron-transport ketting | Is een serie van reacties waarbij elektronen worden doorgegeven door elektron dragers, naar een gebied waar lagere energie levels zijn. Hierbij komt er energie vrij dat gebruikt kan worden bij verschillende processen. Deze transportatie vindt plaats in de mitochondria van eukaryotische cellen en in de chloroplasten van planten. |
Elektrostatische binding | Bindingen op basis van positief en negatief geladen deeltjes. |
Entropie | Een thermodynamische kwantiteit die de hoeveelheid chaos of willekeurigheid in een systeem meet. Hoe hoger de entropie, hoe hoger de chaos. |
Enzym | Een eiwit dat een specifieke chemische reactie katalyseert. |
Evenwicht (equilibrium) | De stoffen zijn in evenwicht als de hoeveelheden die reageren, ieder moment op dezelfde hoeveelheid blijven hangen. |
Evenwichts constante (K) | Is de ratio van voorwaartse en omgekeerde snelheid constantes van een reactie. Een reactie ziet er als volgt uit: A + B AB. |
Flavin adenine dinucleotide (FADH2) | Het is een elektrische drager in de citroenzuur cyclus. Een molecuul van FAD neemt twee elektronen en twee protonen op, zodat FADH2 ontstaat. |
Fermentatie | Een aerobisch energiepad. Hierbij wordt bijvoorbeeld een pyruvate omgezet in ethanol, met behulp van NADH naar Nad+. |
Fotosynthese | Is een proces waarbij planten, algen en sommige bacteriën gebruik maken van zonlicht om water en koolstof om te zetten in organische stoffen. |
Fosfordi-ester binding | Een covalente chemische binding tussen twee waterstofgroepen en een fosfaatgroep, door middel van esterbindingen. |
Geactiveerde dragers (activated carriers) | Een klein molecuul dat uitwisselbare energie draagt. Deze maken gebruik van een energierijke covalente binding. Voorbeelden zijn ATP, acetyl CoA, FADH2, NADH en NADPH. |
Gekoppelde reactie | Een gepaarde reactie waarbij de ene reactie energie levert voor de andere reactie. |
Glycogeen | Is een polysaccharide dat alleen maar bestaat uit glucose eenheden. Glycogeen wordt gebruikt om energie op te slaan bij dieren. Deze zijn voornamelijk aanwezig in de lever en in de spieren. |
Glycolyse | Hierbij worden suikergroepen helemaal uit elkaar gehaald om energie, ATP, te leveren. |
Guanosine trifosfaat (GTP) | Een nucleoside trifosfaat dat gevormd wordt uit de fosforlatie van GDP. Het levert een hoop vrije energie op door de hydrolyse van een fosfaatgroep. GTP heeft een speciale rol bij de samenstelling van microtubules, eiwitsynthese en cel signalering. |
Hydrofiel | Lost op in water en heeft water 'lief'. |
Hydrofobische kracht | Een kracht dat wordt uitgevoerd door het netwerk van waterstofbindingen dat twee nonpolaire oppervlakten bij elkaar brengt, door het water daar tussen te verwijderen. |
Hydrofoob | Lost niet op in water en heeft dit ook niet 'lief'. |
Hydrogene binding | Een noncovalente binding waarbij een positief waterstofatoom gedeeld wordt door twee negatieve atomen. |
Hydrolyse | Een covalente binding wordt doorbroken, door het toevoegen van water. |
Hydronium ion | Een watermolecuul met een extra H+-atoom (H3O). |
Katalisatie | Een reactie waarbij de reactie-energie verlaagd wordt zodat de reactie sneller kan verlopen. |
Lipide | Organisch molecuul dat onoplosbaar is in water, maar wel in nonpolaire organisch oplossingen. De fosforlipides zijn een speciale klasse en zorgen voor de membranen van cellen. |
Lipide dubbellaag | Dit zijn de fosforlipides om het membranen heen. Ze hebben een dubbele laag van lipides. De binnenkant bevat de hydrofobe staarten en de buitenkant de hydrofiele koppen die in het water liggen. |
Metabolisme | De som van alle chemische processen in een cel. Alle katabolisme en anabolisme bij elkaar opgeteld. |
Mol | X gram van een substantie, waarbij X de relatieve moleculair massa is. Een mol bevat 6,02 x 1023. |
Moleculair gewicht | De massa van een molecuul, relatief gesteld aan de massa van een waterstof atoom. |
Molecuul | Samenstelling van atomen. |
Nicotinamide adenine dinucleotide (NADP) | Een elektrondrager wat gebruikt wordt bij biosynthese, in plaats van katalytische processen. |
Organische chemie | Is de subwetenschap van de chemie die zich bezighoudt met organische chemische verbindingen; met verbindingen die (vrijwel) altijd koolstofatomen bevatten. |
Oxidatie | Is het tegenovergestelde van reductie. Het verliezen van elektronen tijdens de additie van een zuurstof atoom of tijdens het verwijderen van een waterstof. |
Oxidatieve fosforlisatie | Een proces van bacteriën en mitochondriën waarbij ATP gemaakt wordt door het transporteren van elektronen door de elektron transport ketting richting moleculaire zuurstof. Betreft de wandeling van een proton langs een membraan en een chemisch-osmotische koppeling van een pH gradiënt aan een ATP. |
Peptide binding | Een chemische binding tussen een koolstofgroep van een aminozuur aan de aminogroep van een ander aminozuur. Dit is een speciale vorm van aminobindingen. Deze bindingen tussen aminozuren vormen de eiwitten. |
PH schaal | De mate waarin een oplossing zuur, neutraal of basisch is. |
Polair | Het beschrijft een structuur, zoals een chemische binding, -groep of molecuul, dat aan de ene kant negatief is en aan de andere kant positief. Dit komt door de oneerlijke verdeling van elektronen. Polaire structuren zijn waarschijnlijk oplosbaar in water. |
Polymerische moleculen | Grote moleculen, monomeren, gebonden door covalente bindingen. |
Proton | Een positief geladen deeltje in een atoom. Het is een deel van de kern van een atoom. |
Reductie | Is de additie van elektronen. Dit kan door het verliezen van een zuurstofatoom of door het toevoegen van een waterstofatoom aan een biologisch molecuul. |
Respiratie | Is een algemene term voor reacties die energie leveren door de oxidatieve afbraak van suikers of andere organische moleculen. Het vereist de opname van zuurstof, terwijl het CO2 en H2O als afval produceert. |
Ribonucleic acid (RNA) | Een polymeer dat gevormd is uit covalent gebonden ribonucleotide monomeren. |
Stikstof fixatie | Een biochemisch proces dat uitgevoerd wordt door bepaalde bacteriën. Het proces betreft de reactie waarbij N2 uit de atmosfeer in ammonia wordt omgezet. |
Substraat | Een molecuul waarmee een enzym reageert. |
Valentie | Het aantal elektronen dat een atoom moet verkrijgen of verliezen om de buitenste schelp vol te hebben. De valentie is gelijk aan het aantal enkele bindingen dat het atoom kan vormen. |
Van der Waal-binding | Een type noncovalente binding dat gevormd wordt door een korte afstand tussen nonpolaire atomen. |
Vet | Lipide vetopslag in cellen. Dit bestaat uit triglycerides: vetzuren met glycerol door esterbindingen. |
Vrije energie (G) | De energie uit systemen om reacties mee te voeden. Deze term is overkoepelend voor energie en entropie. |
Zetmeel | Een polysaccharide dat gevormd wordt uit alleen maar glucose units. Dit is de energieopslag in planten. |
Zuur | Een proton donor. In water lost een zuur op zodat het zijn H+ afstaat. Hierdoor ontstaat een H3O+ en wordt de pH-waarde lager. |
3. Eiwitten
Actieve plaats | Een oppervlakte van een enzym waar een substraat bindt om de katalytische reactie te beginnen. |
Allosterische eiwitten | Een verandering in de conformatie van een eiwit door een regulerende ligand of door covalente modificatie. De verandering in conformatie wijzigt de functie van het eiwit en kan zorgen voor beweging van het eiwit. |
α-helix | Een veelvoorkomend vouwpatroon bij eiwitten. Hierbij vouwt een lineaire sequentie van aminozuren in een rechtshandige helix. Het wordt gestabiliseerd door interne waterstof bindingen tussen atomen die de 'ruggengraat' vormen. |
Antigen | Een molecuul dat een adaptieve immuun respons kan geven of het bindt zich aan een antilichaam of T cel receptor. |
Antilichamen | Een eiwit dat geproduceerd wordt door B cellen. Deze worden gemaakt wanneer een lichaamsvreemd molecuul of organisme de cel binnendringt. Deze kan zich aan het organisme binden zodat het inactief wordt of zodat het signalen afgeeft aan de fagocyten. |
β-blad | Een veelvoorkomend vouwpatroon bij eiwitten. Hierbij lopen verschillende delen van een polypeptide ketting langs elkaar. De atomen zitten aan elkaar vast door waterstofbindingen. |
Bindingsplaats | Een gebied op het oppervlakte van het molecuul, eiwit of nucleïnezuur, dat kan communiceren met een ander molecuul door een noncovalente binding. |
Co-enzym | Een klein molecuul dat meehelpt met het katalyseren van een reactie, naast het werk van een substraat. Vaak binden deze twee door een covalente binding. |
Conformatie | Een welbepaalde ruimtelijke ordening van de atomen in een chemische verbinding, die zich onderscheidt van andere ordeningen die mogelijk zijn door rotaties rond enkelvoudige bindingen. |
Eiwit | De grote macromoleculen waar een cel mee gebouwd wordt. Per eiwit is er een specifieke aminosequentie gebonden door peptidebindingen. |
Eiwitdomein | Een deel van een eiwit dat zijn eigen tertiaire structuur heeft. Grotere eiwitten bestaan uit meerdere domeinen. Elk domein zit vast aan de volgende door korte en flexibele delen van de polypeptide ketting. Homologe domeinen worden herkend in meerdere eiwitten. |
Eiwit subunit | Een individuele eiwitketting dat samen met meer eiwit subunits een eiwit vormt. |
Evenwichtsconstante (K) | Is de ratio van voorwaartse en omgekeerde snelheid constantes van een reactie. Een reactie ziet er als volgt uit: A + B AB. |
Feedback inhibitie | Het proces waarbij een product van een reactie, terug communiceert naar een eerdere stap in de reactie. |
Gedraaide spiraal | Een stabiele structuur gevormd door twee of meer helixen om elkaar heen gedraaid. |
GTPases | Een enzym dat GTP omzet in GDP. |
GTP-binding eiwitten | Zie GTPase. |
Katalist | Een substantie dat de reactie energie kan verlagen, zonder dat de katalist zelf gebruikt wordt. |
Kantketting | Dit is het speciale gedeelte van een aminozuur dat het aminozuur zijn specifieke eigenschap of functie geeft. |
Klemlader | Helpt bij het positioneren van de polymerase/klem op het RNA. |
Ligand | Een molecuul dat zich bindt aan een specifieke plaats van een eiwit of een ander molecuul. |
Lysozym | Een enzym dat het knippen van een polysaccharide ketting katalyseert in de celwand van bacteriën. |
Motor eiwitten | Een eiwit dat energie gebruikt dat verkregen is uit nucleoside trifosfaat hydrolyse om zichzelf langs een lineaire lijn te bewegen. |
Polypeptide ruggengraat | De lijn van moleculen die gelijk aan elkaar zijn om de speciale moleculen te ondersteunen. |
Proteoom | De werking van eiwitten. |
Regulerende plaats | Een plaats waar een regulerend eiwit aanbindt om zo controle uit te voeren op de functie van een eiwit. |
SCF ubiquitin ligase | Is gevormd uit verschillende eiwitcomplexen. Een van de ligases die de celcyclus reguleert. Het zorgt dat remmende factoren (S-Cdks in G1) vernietigd worden, zodat de S-Cdks en DNA replicatie geactiveerd worden. |
Streng leidend mismatch herstel | Herstel mechanismen die foute basen opsporen in de discontinue streng. Hierbij worden stukken waarin een foute basen en andere basen zitten, weggehaald en vervangen. |
Structuur | Primair: de aminozuursequentie. |
Substraat | Een molecuul waarmee een enzym reageert. |
Stellage eiwitten | Een eiwit dat groepen bevat van intracellulaire signaleringseiwitten in een signaleringscomplex. Het bindt vaak het complex op een speciale locatie in de cel. |
Transitie status | Een structuur die in de loop van een chemische reactie vormt, dat de hoogste vrije energie geeft. De formatie is een snelheidsbeperkende stap in de reactie. |
Verbinding | Een relatie tussen elektronen, atomen of moleculen. |
4. DNA, chromosomen en genomen
Antiparallel | Een beschrijving van de relatieve oriëntatie van de twee strengen in de DNA helix of van twee gepaarde polypeptide kettingen. De polariteit van de ene streng is in de tegenovergestelde richting georiënteerd ten opzichte van de andere streng. |
Baseparen | Twee nucleotiden in een RNA- of een DNA-molecuul die bij elkaar worden gehouden door waterstofbindingen. G paart met C en A paart met T of U. |
Celcyclus | De vaste volgorde van gebeurtenissen waarin een cel zijn chromosomen verdubbeld, en meestal ook andere celonderdelen, en vervolgens zichzelf splitst in tweeën. |
Centromeer | Een gebied op een mitotisch chromosoom dat zusterchromatiden bij elkaar houdt. Het is ook de plek waar de draden aanhechten om de chromatiden uit elkaar te trekken. |
Chromatine | Een complex van DNA, histonen en nonhistone eiwitten in de kern van een eukaryotische cel. Het zijn de bouwstenen voor chromosomen. |
Chromosoom | Een structuur dat gevormd is uit lange DNA strengen en bijbehorende eiwitten om de erfelijke informatie te dragen. Planten en diercellen zijn tijdens de mitose en meiose goed zichtbaar onder een lichtmicroscoop. Hierbij zijn er staafjes te zien. |
Complementair | (1) Een nucleotide zuur sequentie kan een basepaar complex vormen. (2) Een enzym en een substraat passen precies in elkaar, zodat de noncovalente bindingen makkelijker gevormd worden. |
Deoxyribonucleic acid (DNA) | Een polynucleotide ketting gevormd door covalente bindingen tussen deoxyribonucleotides. DNA ligt in de cel, bevat de erfelijke informatie voor de opbouw van een organisme en wordt doorgegeven aan nakomelingen. |
Dubbele helix | De drie dimensionale structuur van DNA waarbij twee antiparallel lopende DNA strengen rond draaien in een helix. De helix is verbonden door waterstofbindingen tussen de basen. |
Epigenetische overerving | Overerving van fenotypische veranderingen in een cel of organisme die niet te wijten zijn aan veranderingen in de nucleotide sequentie. De veranderingen zijn wel te wijten aan genregulaties of aan erfelijke bewerkingen van chromatine structuren (zoals DNA methylatie of histon bewerking) zodat er heterochromatines ontstaan. |
Euchromatine | Een gebied van een interfase chromosoom dat normaal verspreid is. |
Exon | Een deel van een eukaryotische sequentie dat gekopieerd wordt, zodat er mRNA ontstaat en vervolgens vertaald wordt in ribosomen tot aminozuren. Het is het tegenovergestelde van een intron. |
Gen | Een deel van het DNA dat wordt vertaald als één gebied. Het draagt genetische informatie en is voor een enkel eiwit of een enkel RNA molecuul. |
Genoom | De totale genetische informatie in een cel of van organisme. |
Heterochromatine | Een gebied van een chromosoom dat zeer dicht of ongewoon verpakt zit waardoor het vaak onbruikbaar is voor replicatie. |
Histon | Een groep van kleine eiwitten die rijk zijn aan arginine en lysine. Het zijn de kernen van nucleosomen waar DNA om heen zit gebonden in eukaryotische chromosomen. |
Histoncode | Combinaties van chemische bewerkingen, methylatie en acetylatie aan histonen, die bepalen hoe en wanneer het DNA in de nucleosomen beschikbaar is. |
Histon H1 | Een eiwit dat zich bindt aan uitstekend DNA en vervolgens helpt om nucleosomen in te pakken in de 30 nm chromatine draad. |
Homoloog | Een, twee of meer genen die gelijk zijn in sequentie doordat ze van dezelfde voorouder komen. De term is overkoepelend voor de begrippen ortholoog en paraloog. |
Intron | Een niet coderend gebied in een eukaryotisch gen. Dit gedeelte wordt gekopieerd door een RNA molecuul, maar er uitgeknipt door RNA splicing voor de maak van mRNA of andere RNA moleculen. |
Karyotype | Een vertoning van de volledige set aan chromosomen in een cel, gerangschikt op basis van grootte, vorm en nummer. |
Lampbrush chromosoom | Het grootste chromosoom dat bekend is tijdens de meiose van amfibie eieren. Hierbij vallen er grote lussen buiten de lineaire as van het chromosoom. |
Mitotisch chromosoom | Een gedupliceerd chromosoom dat zijn dubbelganger, chromatidezuster, nog aan zich heeft zitten door middel van het centromeer. |
Nucleosoom | Een structuur dat zich bevindt in eukaryotische chromatines. Het wordt opgebouwd uit acht histonen met het DNA eromheen. Daarnaast is het de bouwsteen voor chromatines. |
Polymorf | Beschrijft een gen met twee of meer allelen die beide veel voorkomen in de populatie. |
Polyteen chromosoom | Een groot chromosoom waarbij het DNA meerdere malen is verdubbeld en vervolgens is dit in de cel blijven zitten. |
Positie effecten | Verschillen in genexpressie die afhangen van de positie op het chromosoom en de chromatine structuur. Wanneer een gen naast een heterochromatine zit, is het waarschijnlijk dat dit gen niet meer toegankelijk is en ook niet meer zijn functie kan uitoefenen. |
Pseudogen | Een DNA sequentie dat meerdere mutaties en verdubbelingen heeft ondergaan zodat een voorouderlijk gen inactief gesteld of nonfunctioneel wordt. |
Replicatie origine | De locatie van een DNA molecuul waar de duplicatie van DNA begint. |
Single-nucleotide polymorfisme (SNP) | Variatie op een specifieke plek in de DNA sequentie tussen individuen uit de populatie. |
Telomeer | Is het uiteinde van een chromosoom. Het einde betreft een specifieke sequentie die op een speciale manier wordt gekopieerd. Het zorgt ervoor dat het chromosoom niet na elke replicatie korter wordt. |
Template | Enkel strengs DNA of RNA dat zijn nucleotide sequentie bloot geeft om de complementaire streng te maken. |
Zuiverende selectie | Een vorm van natuurlijke selectie dat divergentie in de populatie tegengaat door deletiemutatie te verwijderen. |
5. DNA replicatie, reparatie en recombinatie
Achterblijvende streng (lagging strand) | Één van de twee nieuw gevormde DNA strengen. Deze streng wordt gevormd door discontinue stukken, die later weer aan elkaar worden gevoegd door ligase. |
Allel | Een alternatieve vorm van een gen. In een diploïde cel zitten genen met op elke loci een allel op een homoloog chromosoom. |
Bacteriofaag | Een virus dat een bacterie infecteert. Fagen waren de eerste organismen die gebruikt werden om de moleculaire basis in de genetica te leggen. Op dit moment worden ze gebruikt als vectoren voor het klonen van DNA. |
Base excisie herstel | Een manier van DNA herstel waarbij een foute base vervangen wordt door de juiste op basis van de template streng. |
Conservatieve plaatsspecifieke recombinatie | De integratie van genen op speciale plaatsen. |
DNA helicase | Een enzym dat gebruikt wordt bij het openen van de dubbele helix in een enkele streng zodat er replicatie mogelijk is. |
DNA herstel | Een overkoepelende term van mechanismen waarbij foute basen verwijderd worden, de goede basen te plaatsen en alles weer vast te binden. |
DNA ligase | Een enzym dat uiteinden van een streng samenvoegt door middel van een covalente binding. |
DNA polymerase | Een enzym dat nucleotiden bij elkaar brengt met behulp van een template streng. |
DNA primase | Een enzym dat korte RNA stukjes maakt uit een DNA template streng om primers te vormen voor DNA replicatie. |
DNA topoisomerase | Een enzym dat bindt aan DNA om fosfordi-ester bindingen te breken. Topoisomerase 1 zorgt voor een enkele breking zodat de helix-spanning losgelaten kan worden en deels open gaat. Topoisomerase 2 knipt tijdelijk een breking in beide strengen, zodat een helix erdoor heen past en zo ontvouwt. |
DNA transposon | Een DNA segment dat zich verplaatst of verplaatst wordt naar een andere plek op het genoom door transpositie. |
Genconversie | Een proces waarbij de informatie van een DNA sequentie een andere streng veranderd. Hierbij komen recombinatieprocessen te pas. |
Glijdende klem | Een eiwit complex dat DNA polymerase aan de DNA streng vast houdt tijdens de replicatie. |
Heteroduplex | Een DNA streng gevormd uit twee strengen van twee verschillende DNA moleculen. |
Histon chaperon | Een eiwit dat bindt aan vrije histonen en ze weer loslaat als ze gebruikt worden om DNA op te rollen. |
Homologe recombinatie | Genetische uitwisseling tussen een paar gelijke of zeer gelijke DNA sequenties. |
Hybridisatie | Het proces waarbij twee complementaire strengen een DNA-DNA, DNA-RNA en RNA-RNA complex vormen. Het is een basis voor het vinden van specifieke nucleotide sequenties. |
Kiemcel | Een cel dat de haploïde en hun diploïde precursorcellen bevat. De kiemcellen geven de informatie door aan nakomelingen en onderscheiden zich van somatische cellen (opbouw lichaam). |
Kruisstreng uitwisseling (Holliday junction) | Een X-vormige structuur dat recombinatie ondergaat, waar twee DNA moleculen bij elkaar worden gehouden op de plek van de recombinatie. |
Leidende streng | Een streng nieuw gevormd DNA in de 5'-3' richting. Dit is de streng dat bestaat uit één continu stuk. |
Mutatie | Een erfelijke nucleotide verandering op een chromosoom. |
Mutatiesnelheid | De constante snelheid van het aantal mutaties. |
Non homologe eind aansluiting | Twee uiteindes worden aan elkaar gebonden. |
Nonretrovirale soort retrotransposon | Een type wegwerpelement dat zich beweegt door middel van een RNA stuk. Door middel van omgekeerde transcriptase vormt er een complementair stuk DNA aan het RNA. Er vormt een tweede stuk complementair aan het DNA waarna het in het genoom wordt geplaatst. Hierdoor worden er vele virale DNA segmenten gemaakt door de gastheercel. |
Nucleotide excisie herstel | Het herstelt het DNA op een beschadigde locatie door het beschadigde gedeelte eruit te knippen en op basis van de template streng de goede base in te voegen. |
Omgekeerde transcriptase | Een enzym dat gevonden is in retrovirussen en dat dubbelstrengs DNA maakt van een enkelstrengs RNA stuk. |
Origine herkenningscomplex | Een groot eiwit complex dat gebonden is aan replicatie origines tijdens de celcyclus in eukaryotische chromosomen. |
RecA eiwit | Een prototype voor een klasse DNA-bindingseiwitten. |
Replicatie origine | De plaats op een chromosoom waar de replicatie begint. |
Replicatie vork | Een Y-vormig gebied tijdens de replicatie waar de helix uit elkaar wordt gehaald en de nieuwe dochterstrengen worden gevormd. |
Retrovirale soort retrotransposon | Zijn een subgroep van wegwerp elementen die alleen in eukaryotische genomen voorkomen. Ze gebruiken omgekeerde transcriptase om zich voort te planten. Ze komen voornamelijk voor in planten. |
RNA primer | Een klein stukje RNA dat gevormd wordt uit een DNA template. Het is nodig om de DNA synthese te starten. |
S fase | Een periode in een eukaryotische cel waarin DNA gemaakt wordt. |
Enkel-streng DNA bindings (SSB) eiwit | Een eiwit dat zich bindt aan de enkele strengen van een geopende DNA helix, zodat de helix niet weer terug vormt tijdens de replicatie. |
Somatische cel | Elke andere cel in een organisme dat geen kiemcel is. Deze cellen zorgen voor de opbouw van het organisme. |
Telomerase | Een enzym dat telomeer sequenties verlengt. Dit gebeurt aan de uiteindes van eukaryotische chromosomen. |
Transpositie | De verplaatsing van een DNA sequentie naar een andere plek in het genoom. |
6. Hoe cellen het genoom lezen: van DNA naar eiwit
Algemene transcriptie factoren | Eiwitten die nodig zijn bij de promoter om de RNA polymerase te binden en te activeren, om vervolgens de transcriptie te beginnen. |
Aminoacyl-tRNA synthetase | Een enzym dat de juiste aminozuren aan de juiste tRNA moleculen bindt om een aminoacyl tRNA te vormen. |
Anticodon | Een sequentie van drie nucleotides lang op tRNA. Deze sequentie is complementair aan de mRNA sequentie. |
Codon | Een sequentie van drie nucleotides lang in een DNA of mRNA molecuul. Deze representeren een bepaald aminozuur voor een polypeptide ketting. |
DNA super draaien | Dit zijn extra bindingen die voor extra spanning zorgen in de dubbele helix. De helix kan in een negatief of een positief geladen spiraal gedraaid zijn. |
Eukaryotische initiatie factor (EIF) | Een eiwit dat helpt om het initiator tRNA aan het ribosoom te binden; oftewel, de start van de translatie. |
Exon | Een deel van een eukaryotische sequentie dat gekopieerd wordt, zodat er mRNA ontstaat en vervolgens vertaald wordt in ribosomen tot aminozuren. Het is het tegenovergestelde van een intron. |
Exosoom | Is een afbraakmechanisme voor overgebleven en onvolwassen RNA moleculen. Dit bestaat uit 3’-5’ RNA exonucleases. |
Genetische code | De sequentie van nucleotiden die coderen voor aminozuren, codons en eiwitten. |
Initiatie tRNA | Een speciaal tRNA molecuul dat translatie begint. Het draagt altijd methionine (aminozuur) en vormt Met-tRNAi. |
Intron | Een niet coderend gebied in een eukaryotisch gen. Dit gedeelte wordt gekopieerd door een RNA molecuul, maar er uitgeknipt door RNA splicing voor de maak van mRNA of andere RNA moleculen. |
Leeskader | Een kader waarin nucleotiden per drie stuks worden gelezen. Een mRNA molecuul kan hierdoor op drie verschillende manieren gelezen worden, maar één manier geeft de juiste sequentie voor het benodigde eiwit. |
Messenger RNA (mRNA) | Een RNA molecuul dat codeert voor de aminozuren voor de opbouw van eiwitten. Dit wordt geproduceerd bij eukaryoten door RNA polymerase en een DNA streng. |
Moleculaire chaperon | Een eiwit dat helpt bij het correct vouwen van andere eiwitten of tegen het verkeerd vouwen van eiwitten. Deze eiwitten bevatten hitte shock eiwitten (Hsp). |
Nonsense medieer mRNA afbraak | Een mechanisme dat zorgt voor de afbraak van afwijkende mRNA moleculen die hun stop codons intern dragen, voordat ze vertaald worden. |
Nuclear pore complex (NPC) | Een eiwit structuur dat een kanaal vormt vanuit de celkern richting het cytoplasma. |
Overeenkomstige nucleotide sequentie consensus | De meest typische en voorkomende sequenties in gelijksoortige DNA, RNA en eiwit sequenties. Het behoud van bepaalde eiwitten duidt op het feit dat deze een belangrijke functie hebben. |
Prion ziekte | Een ziekte dat horizontaal verspreid wordt door een fout gevouwen eiwit. Een voorbeeld is de gekke koeienziekte. |
Promotor | Een DNA sequentie waar RNA polymerase aan bindt om de transcriptie te starten. |
Proteasoom | Een groot eiwitcomplex in het cytosol dat verantwoordelijk is voor de afbraak van eiwitten door middel van proteolytische activiteit. De eiwitten worden gemarkeerd door ubiquitin. |
Ribosomaal RNA (rRNA) | Een specifiek RNA molecuul dat zorgt voor de opbouw van ribosomen en deelneemt aan de eiwitsynthese. |
Ribosoom | Opgebouwd uit onder andere rRNA's voor de eiwitsynthese. |
Ribozym | Een RNA molecuul met katalytische activiteit. |
RNA polymerase | Een enzym dat voor de synthese van mRNA moleculen zorgt met behulp van een DNA streng. |
RNA polymerase holo-enzym | Een complex dat bestaat uit een bacterieel RNA polymerase enzym en de sigma factor. |
Small nuclear RNA (snRNA) | Kleine RNA moleculen met extra eiwitten om snRNP's te vormen voor RNA splicing. |
Spliceosoom | Een groot complex dat uit RNA en eiwit moleculen bestaat, dat pre-mRNA splicing uitvoert in eukaryotische cellen. |
Tata box | Een sequentie op een promoter gebied, bij eukaryoten, dat algemene transcriptie factoren bindt om transcriptie te beginnen. |
Terminator | Signalen vanuit bacterieel DNA dat de transcriptie stopt. |
Transcriptie | Het kopiëren van een DNA streng in een complementaire RNA sequentie door het enzym RNA polymerase. |
Transfer RNA (tRNA) | Kleine RNA moleculen die worden gebruikt bij eiwitsynthese als een adapter tussen mRNA en aminozuren. Elk type tRNA behoort tot een specifiek aminozuur. |
Translatie | Het proces waarbij de sequentie van nucleotiden in een mRNA molecuul van aminozuren naar eiwitten worden vertaald. |
Trans-splicing | Een vorm van RNA splicing dat voorkomt in maar een paar eukaryotische organismen, waarbij twee exonen samen worden gevoegd om een mRNA molecuul te vormen. |
7. De controle van gen expressie
Alternatieve RNA splicing | De productie van verschillende RNA moleculen van hetzelfde gen, maar dan verschillend geknipt. |
CG eilanden | Een DNA gebied dat relatief veel CG sequenties bevat en vaak ongemethyliseerd blijven. |
Chromatine immunoprecipitatie (ChIP) | Een techniek waarbij chromosomaal DNA, gebonden aan een eiwit, geïsoleerd en geïdentificeerd kan worden. Dit wordt gedaan door een antilichaam te binden aan het eiwit. |
Combinatie controle | Een beperkt aantal eiwitten kunnen combinaties met elkaar maken, omdat er anders teveel diversiteit en chaos ontstaat. |
Cro eiwit | Een bacterieel eiwit dat concurreert met het lambda repressor eiwit. |
DNA affiniteit chromatografie | Een techniek voor het zuiveren van DNA bindingseiwitten die binden aan specifieke sequenties. Ze binden aan lokaas om de juiste eiwitten te vinden. |
Epigenetische overerving | Overerving van fenotypische veranderingen in een cel of organisme die niet te wijten zijn aan veranderingen in de nucleotide sequentie. De veranderingen zijn wel te wijten aan genregulaties of aan erfelijke bewerkingen van chromatine structuren (zoals DNA methylatie of histon bewerking) zodat er heterochromatines ontstaan. |
Fase variatie | Komt in bacteriën voor en het zorgt ervoor dat DNA sequenties op verschillende manieren gelezen kan worden. |
Gel mobiliteit shift assay | Een techniek voor het detecteren van eiwitten gebonden aan een speciale DNA sequentie. Het eiwit remt de migratie van het DNA door een gel tijdens gel elektroforese. |
Gen | Een gebied DNA dat gekopieerd wordt als één unit en genetische informatie draagt dat doorgegeven wordt aan nakomelingen. Het kan voor een eiwit of een RNA molecuul coderen. |
Gen controle gebied | Een aantal gekoppelde DNA sequenties die de expressie van een gen reguleren. Het bevat de promoter en de regulerende sequenties die nodig zijn om de transcriptie te starten. |
Gen regulerende eiwitten | Een algemene term voor een eiwit dat bindt aan een DNA sequentie om de transcriptie van een gen te beïnvloeden. |
Gen repressor eiwit | Schakelen genen uit en zorgen voor negatieve controle |
Genomisch inprinten | Een fenomeen waarbij een gen, van een vader of moeder, wel of niet wordt geuit bij nakomelingen. |
Helix-draai-helix motief | Een DNA bindingsmotief dat voorkomt in vele gen regulerende eiwitten. Het bevat twee helixen die aan elkaar gebonden zijn door een aminozuursequentie. Eiwitten met dit motief vormen vaak symmetrische dimeren en binden aan gelijke DNA sequenties. |
Helix-loop-helix motief | Een DNA bindingsmotief dat voorkomt in vele gen regulerende eiwitten. Het bevat een helix en een grotere helix verbonden door een flexibele lus. De structuur zorgt ervoor dat twee HLH-eiwitten een complex kunnen vormen dat aan DNA bindt. |
Homeodomein | Een DNA bindingsdomein dat een klasse gen regulerende eiwitten bevat die belangrijk zijn voor de ontwikkeling van een dier. |
Interne ribosoom ingangskant (IRES) | Een specifieke plaats bij eukaryotisch DNA waar transcriptie begint. Dit is een andere plek dan het 5' einde. |
Lambda repressor eiwit | Een bacterieel eiwit dat concurreert met het Cro eiwit. |
Leucine rits motief | Een motief dat twee alpha helixen van andere eiwitten bindt in een gedraaide spiraal, om een eiwit dimeer te vormen. |
Methylatie | Een methylgroep wordt vastgebonden aan een molecuul. Methylatie aan een DNA molecuul zorgt ervoor dat het niet meer leesbaar is. |
Micro RNA (miRNA) | 21-26 nucleotide lang eukaryotisch RNA dat gemaakt wordt door gespecialiseerde RNA transcripten. Ze reguleren gen expressie door het complementair paren van basen en mRNA. Hierdoor wordt uiteindelijk het mRNA afgebroken of de transcriptie wordt geblokkeerd. |
mRNA degradatie controle | Selectieve afbraak van mRNA moleculen in het cytoplasma. |
Negatieve controle | Een controle mechanisme waarbij de output van een reactie of pad een stap eerder in het pad inhibeert. |
Operator | Een kort stukje op het genoom van een bacterie dat de transcriptie van een naastgelegen gen reguleert. |
Operon | Een aantal naast elkaar gelegen genen op een bacterieel chromosoom die in een enkel mRNA molecuul worden gekopieerd. |
Paren | Twee homologe chromosomen die naast elkaar komen te liggen tijdens meiose. |
Positieve controle | Een controle mechanisme waarbij de output van een reactie of pad zijn eigen productie of activatie stimuleert. |
Post-transcriptionele controle | Een algemene term voor gen expressie controle, nadat de transcriptie is begonnen. |
Regulerend kerntransport | Transport van moleculen of eiwitten uit de kern. |
Regulerende sequenties | DNA sequenties waar een gen regulerend eiwit aan bindt om de snelheid van de transcriptsamenstellingen te controleren. Dit vindt plaats bij de promoter. |
RNA editing | Een proces waarbij pre-mRNA bewerkt wordt, de nucleotide sequentie verandert, door het invoegen, verwijderen of wijzigen van een nucleotide. |
RNA interfereren (RNAi) | Een mechanisme waarbij dubbel strengs RNA voor sequentiespecifieke vernietiging van complementaire mRNA's zorgt. Het mechanisme, behouden in eukaryoten, verloopt door middel van korte dubbel strengs kleine interfererende RNA's (siRNA's), geproduceerd door endonucleolytische splitsing. De term RNAi wordt vaak algemeen gebruikt om ook de remming van genexpressie door miRNA's omvatten. RNAi wordt experimenteel gebruikt om de effecten van inactiverende specifieke genen te bestuderen. |
RNA proces controle | De mate waarin het knippen en verwerken van RNA transcripten gereguleerd worden. |
RNA transport en lokalisatie controle | De selectie van mRNA moleculen die getransporteerd worden richting een specifieke plaats in het cytosol. |
Small interferering RNA (siRNA) | 21-26 nucleotide lange sequenties van dubbel strengs RNA dat de gen expressie remt door het vernietigen van complementaire mRNA moleculen. |
Transcriptie attenuatie | Het remmen van gen expressie door het vroegtijdig beëindigen van de transcriptie. |
Transcriptionele controle | De mate waarin een gen gekopieerd wordt. |
Translationele controle | De selectie van mRNA moleculen die vertaald mogen worden door ribosomen. |
Tryptofaan repressor | Remt de transcriptie van tryptofaan genen, wanneer er tryptofaan in de cel aanwezig is. |
X-inactivatie | De inactivatie van één van de twee X-chromosomen in somatische cellen, in een vrouwelijk zoogdier. |
X-inactivatie centrum | De plaats op het X-chromosoom waar de inactivatie van het chromosoom begint, vaak het midden, en dat zich vervolgens richting de uiteindes verspreidt. |
Zink vingers | Een DNA bindingsmotief dat voorkomt in vele gen regulerende eiwitten. Deze motieven gebruiken zinkmoleculen om de conformatie van het eiwit bij elkaar te houden. |
15. Cel communicatie
Adaptatie | Het betreft de aanpassing van de gevoeligheid na een aantal stimulatieherhalingen achter elkaar. Een mechanisme dat ervoor zorgt dat een kleine verandering in stimuli, ondanks een omgeving vol met stimuli, toch een respons kan geven. |
Adapter | Een algemene term voor een eiwit dat twee eiwitten bindt in een intracellulair signaleringspad of eiwitcomplex. |
Adenylyl cyclase | Een membraan gebonden enzym dat de formatie van ATP naar cAMP katalyseert. Het is een belangrijk onderdeel in signaleringspaden. |
Akt | Een serine/threonine eiwit kinase dat zorgt voor de signalen om groei en overleving van cellen te stimuleren, in Akt intracellulaire signaleringspaden. |
AMP-afhankelijk eiwit kinase (PKA) | Een enzym dat bepaalde eiwitten fosforliseert, na een intracellulaire concentratie verhoging van cAMP. |
Arrestin | Een kleine, maar belangrijke, eiwitfamilie voor het reguleren van signaal transductie. |
Auxin | Een plant hormoon dat belangrijk is voor de groei en ontwikkeling. |
ß-catenine | Een multifunctioneel cytoplasmisch eiwit dat betrokken is bij cadherin-medieer cel-cel adhesie, waarbij cadherins aan het actin cytoskelet worden gebonden. Het kan ook onafhankelijk werken als een gen regulerend eiwit. Dit eiwit is ook betrokken bij de ontwikkeling van dieren en is een onderdeel van het Wnt signaleringspad. |
Bacteriële chemotaxis | Verschijnsel waarbij organismen zich verplaatsen door de verschillende concentratie hoeveelheden in een omgeving. Het vloeit naar of van een oplosbaar chemisch molecuul af. |
Brassinosteroïde | Een plantenhormoon dat zorgt voor de aanmaak van vetzuren en eiwitten, maar stimuleert ook de fotosynthese. |
Calmodulin | Een intracellulair Ca2+ bindingseiwit dat een grote conformatie verandering nodig heeft om aan Ca2+ te binden. Hierdoor kan het wel de activiteit van vele eiwitten reguleren. De actieve vorm wordt Ca2+/calmodulin genoemd. |
Calmodulin afhankelijke kinase (CaM-kinase) | Een serine/threonine eiwit kinase dat geactiveerd is door Ca2+/calmodulin. Het medieert indirect de effecten van een Ca2+ concentratie verhoging in het cytosol, door bepaalde eiwitten te fosforliseren. |
CAM-kinase 2 | Ca2+/calmodulin afhankelijk eiwit kinase dat zichzelf en bepaalde eiwitten fosforliseert tijdens activatie. |
Cdc42 | Staat voor cell division cycle. Het is een eiwit dat de celcyclus reguleert. |
Chemotaxis receptor | Een receptor dat bepaald of een cel wel of niet in de bepaalde oplossing kan blijven. |
Contact-afhankelijk signaal | Een receptor dat fysiek contact moet hebben met een andere cel om het signaal door te geven. |
CRE-binding (CREB) eiwit | Bindt aan de cAMP respons eiwitten om de transcriptie van de aankomende genen te reguleren. |
Cryptochroom | Een flavo-eiwit dat reageert op blauw licht. Het is gevonden bij dieren en planten. Bij dieren zorgt het voor circadiaanse ritmes. |
Cubitus interruptus (Ci) | Een zinkvinger dat transcriptie factoren bevat die betrokken zijn in het Hedgehog signaleringspad. |
Cyclisch AMP (cAMP) | Een nucleotide dat gemaakt wordt uit ATP door adenylyl cyclase in opdracht van extracellulaire signalen. Het gedraagt zich als een intracellulair signaleringsmolecuul door het activeren van PKA. Het wordt AMP door fosfordi-esterase. |
Cyclisch GMP | Nucleotide dat gevormd wordt door GTP en guanylyl cyclase in opdracht van verschillende extracellulaire signalen. |
Cyclisch GMP fosfordi-esterase | Breekt cGMP af door het knippen van bindingen. |
Cytokine receptor | Een extracellulair signaleringseiwit of peptide dat een lokale mediator is tijdens cel-cel communicatie. |
Cytoplasmisch tyrosine kinase | Een enzym dat actief wordt door tyrosine-kinase receptoren op de oppervlakte van de cel. Het signaal wordt doorgegeven door de fosforlisering van bepaalde cytoplasmische eiwitten in tyrosine kantkettingen. |
Desensitisatie | Zie adaptatie. |
Diacylglycerol (DAG) | Een lipide dat gevormd wordt door het knippen van inositol fosforlipides in opdracht van extracellulaire signalen. Ze worden samengesteld uit vetzuurkettingen die gebonden worden door glycerol. Het helpt bij de activatie van PKC. |
Dishevelled (Dsh) | Een familie van eiwitten die betrokken zijn bij canonieke en niet-canonieke Wnt signaalpaden. Dsh is een cytoplasmatisch fosforeiwit die direct stroomafwaarts van ‘frizzled’ receptoren werkt. |
Efrine | Een membraan gebonden eiwit ligand voor de Eph receptor tyrosine kinases (RTK’s). Het stimuleert de afstoting of aantrekkings- responsen voor de migratie van cellen en axonen tijdens de ontwikkeling. |
Efrine receptor (Eph receptor) | De receptor die het meest herkend wordt door Efrine. |
Eiwit fosfatase | Eiwitten die, door middel van het toevoegen van fosfaatgroepen, moleculen knippen. |
Eiwit kinase | Een enzym dat de terminale fosfaatgroep van ATP verplaatst naar een of meerdere specifieke aminozuren op een bepaald eiwit. |
Eiwit kinase C (PKC) | Een Ca2+ afhankelijk eiwit kinase wordt geactiveerd door diacylglycerol en een verhoogde concentratie van Ca2+. Vervolgens fosforliseert het bepaalde eiwitten op serine of threonine residuen. |
Eiwit tyrosine fosfatase | Een enzym dat fosfaatgroepen verwijdert van tyrosine residuen, die al eerder een extra fosfaatgroep hadden gekregen. |
Endocriene cellen | Een gespecialiseerde cel bij dieren dat een hormoon uitscheidt in het bloed. Dit soort cellen zijn vaak de bouwstenen van klieren. |
Enzym gekoppelde receptor | Een oppervlakte-cel receptor dat een cytoplasmisch domein heeft dat enzymatisch is of in contact staat met een enzym. In beide gevallen wordt de enzymatische activiteit gestimuleerd door een extracellulair ligand aan de receptor. |
Ethyleen | Het is een bouwsteen voor andere moleculen. |
Extracellulaire signaal moleculen | Een signaal dat bindt aan een receptor en daarmee de activiteit in een cel reguleert. |
Focal adhesion kinase (FAK) | Een cytoplasmisch tyrosine kinase dat betrokken is bij celadhesie en het verspreiden van cellen. |
Fosfatidylinositol 4,5-bisfosfaat [PI(4,5)P2 of PIP2] | Een membraan inositol fosforlipide dat geknipt wordt door fosforlipase C in IP3 en diacylglycerol. Het wordt gefosforliseerd door Pi 3-kinase om PIP3 plaatsen voor signalen te maken. |
Fosforinositide | Een lipide dat een gefosforlyseerde inositol afgeleide bevat. Het is een klein component van het plasma membraan, maar belangrijk voor markeringen op celoppervlaktes weghalen en intracellulaire signaal transductie bij eukaryoten. |
Fosfoinositide 3-kinase (PI 3-kinase) | Een membraan gebonden enzym dat onderdeel is in het Pi 3-kinase/Akt intracellulair signaleringspad. Het fosforliseert om PIP3 plaatsen te maken voor binnenkomende signalen. |
Fosforlipase | Een membraan gebonden enzym dat inositol fosforlipide knipt om IP3 en diaglycerol te produceren in het inositon fosforlipide signaleringspad. PLCβ wordt geactiveerd door GPCR’en door G eiwitten en PLCγ wordt geactiveerd door RTK’s. |
Fosforlisatie | Het toevoegen van een fosfaatgroep. |
Fosforlisatie cascade | Een aantal fosforlisaties gemedieerd door een aantal eiwit kinases. Telkens wordt de volgende fosfaatgroep toegevoegd en kinase geactiveerd in de ketting. |
Fototropin | Receptoren die reageren op blauw licht om de fotosynthese in planten te optimaliseren. |
Fytochroom | Is een plantpigment, dat betrokken is bij het waarnemen van licht en werkt als een lichtsensor. Hierdoor wordt het dag- en nachtritme geregeld en gaat de plant naar het licht toegroeien als het in de schaduw komt te staan. |
G-eiwit | Zie trimerische GTP-bindingseiwit. |
G eiwit signaleringsregulatoren (RGS) | Het bindt aan het α-subunit, om de G-eiwit medieer responses bij eukaryoten inactief te stellen. |
GPCR | Een G eiwit gekoppelde receptor dat geactiveerd wordt door een ligand van buitenaf. Vervolgens activeert het G-eiwit een enzym of ionkanaal. |
Groei factor | Een extracellulair signaal dat een cel kan stimuleren om te groeien. Ze helpen daarnaast cellen om te overleven. |
GTP-bindingseiwit | Een enzym dat GTP omzet in GDP. Deze vallen in twee families: 1) trimerische eiwitten die bestaan uit drie complexen en binden GPCR’en aan enzymen of ionkanalen en 2) monomerische GTPases die bestaan uit één unit en zenden een signaal opnieuw uit. De laatste groep krijgt opdrachten van vele receptoren en zitten in veel signaleringspaden. |
GTPase activeringseiwit (GAP) | Een eiwit dat bindt aan een GTPase en vervolgens de activiteit remt waardoor het enzym gehydrolyseert wordt van GTP naar GDP. |
Guanine nucleotide exchange factor (GEF) | Een eiwit dat bindt aan een GTPase en activeert het door een GDP af te laten staan, zodat GDP kan binden. |
Histidine-kinase-associatie receptor | Een transmembraan receptor, bij bacteriën, gist en planten, dat betrokken is bij bijvoorbeeld bacteriële chemotaxis. |
Hedgehog eiwit | Een extracellulair signaleringsmolecuul dat vele rollen heeft bij celdifferentiatie en gen expressie. De signalen komen vrij tijdens de embryonale-, maar ook in de volwassen tijd. Overmatige Hedgehog signalen kunnen kanker veroorzaken. |
Hormonen | Een signaalmolecuul dat uitgescheiden wordt door endrocriene cellen in het bloed. Hierdoor kunnen er lange-afstandssignalen door worden gegeven. |
IHog | Ze functioneren als co-receptoren voor Hedgehog eiwitten, net zoals Patched. |
IkB | Houden NFkB eiwitten inactief. |
Inhiberend G-eiwit (Gi) | Een trimerisch G eiwit dat ion kanalen kan reguleren en het enzym adenylyl cyclase in het plasma membraan. |
Inositol 1,4,5-trifosfaat (IP3) | Een klein intracellulair signaleringsmolecuul dat geproduceerd wordt tijdens activatie van het inositol fosforlipide signaleringspad. Het zorgt voor de vrijlating van Ca2+ vanuit het ER in het cytoplasma. |
Inositol fosforlipide signaleringspad | Een intracellulair signaleringspad dat begint bij de activatie van fosforlipase C. Hierbij ontstaat IP3 en diacylglycerol (DAG) van inositol fosforlipides in het plasma membraan. DAG activeert onder andere eiwit kinase C. |
Intracellulair signaleringseiwit | Een eiwit dat betrokken is bij een signaleringspad binnen in de cel. Het activeert meestal het volgende eiwit in het pad of ontwikkelt een kleine intracellulaire mediator. |
Interactie domein | Regelt de interactie tussen de intracellulaire signaleringseiwitten. |
Ion-kanaal gekoppelde receptor | Wordt gebruikt bij elektrisch geladen signalen, zoals bij spieren of zenuwen. |
IP3-poort Ca2+-vrijlaat kanaal | Zie IP3 receptor. |
IP3 receptor | Poortvormige Ca2+ kanaal in het ER dat wordt geopend door de binding van IP3 uit het cytosol. Hierbij komt Ca2+ vrij. |
Janus kinase (JAK) | Een cytoplasmisch tyrosine kinase dat STAT moleculen fosforliseert, en daarmee activeert. |
Kern receptor superfamilie | Intracellulaire receptoren voor hydrofobe signaleringsmoleculen, zoals steroïde en thyroïde hormonen en retinoïnezuur. Het receptor-ligand complex werkt als een transcriptie factor in de celkern. |
Kleine intracellulaire bemiddelaars | Een molecuul dat gevormd of vrijgelaten wordt voor actie door middel van een extracellulair signaal. Het zorgt voor de heruitzending van een signaal. Voorbeelden zijn cAMP, cGMP, IP3 Ca2+ en DAG. |
Kloof verbinding (gap junction) | Een kanaal tussen cellen zodat ionen en kleine moleculen verdeelt kunnen worden tussen de twee cytoplasma’s. |
LDL-receptor eiwit | Staat voor ‘low density lipoprotein’ en heeft te maken met de cholesterol huishouding. |
Leucine-rijk herhalings receptor kinase | Een veel voorkomende serine/threonine kinase receptor in planten dat vele leucine herhalingen bevat in het extracellulaire gedeelte. |
Lokale bemiddelaar | Een uitgescheiden signaleringsmolecuul dat werkt op omringende cellen. |
MAP-kinase | Een eiwit kinase aan het eind van een drie component signaleringsmodule. Ze zijn betrokken bij het heruitzenden van signalen van het plasma membraan richting de celkern. |
Monomerisch GTPase | Bevat één subunit en zendt signalen van celoppervlakte receptoren opnieuw uit. Daarnaast heeft het rollen in intracellulaire signaleringspaden. Ze regelen de transportatie en signalering richting het cytoskelet. Het wordt actief met gebonden GTP en inactief met gebonden GDP. |
Morfogen | Een signaleringsmolecuul dat een hele groep cellen een patroon kan opleggen, waardoor verschillende groepen cellen verschillende functies krijgen. |
Neurotransmitter | Een klein signaleringsmolecuul dat vrijkomt in de synaptische spleet tussen twee neuronen. |
NFkB eiwit | Een latent gen regulerend eiwit dat geactiveerd wordt door verschillende intracellulaire signaleringspaden wanneer cellen in stressvolle of ontstekingssituaties zijn. Het heeft ook een grote rol tijdens de ontwikkeling van een dier. |
Notch | Een receptor door het membraan heen dat het lot van cel bepaalt tijdens de ontwikkeling van een dier. Een voorbeeld is de specificatie van zenuwcellen in het ectodermal epithelium. De ligand moleculen binden aan het oppervlakte (Delta of Serrate). |
Olfactorische receptor | Een receptor dat cilia bevat waar geurmoleculen aan binden om vervolgens doorgegeven te worden. |
Paracrine signalering | Lokale communicatie tussen cellen. |
Patched | Zit twaalf keer door het membraan heen en bindt zich aan het Hedgehog eiwit. |
PI-3-kinase-Akt-pad | Het geeft signalen aan cellen om te groeien op basis van een serine/threonine eiwit kinase TOR (mTOR bij zoogdieren). Het bestaat uit twee complexen: mTOR complex 1 en mTOR complex 2. |
Plant hormonen | Signaleringsmoleculen die helpen om de groei en ontwikkeling van planten te coördineren. Voorbeelden zijn ethyleen en auxin. |
Pleckstrin homoloog (PH) domein | Een eiwit domein in intracellulaire signaleringseiwitten. Sommige PH-domeinen binden aan fosfatidylinositol 3,4,5-trifosfaat; dit wordt geproduceerd door PI 3-kinase. Het signaleringseiwit wordt richting het plasma membraan gebracht wanneer PI 3-kinase actief is. |
Positieve feedback loop | Een controle mechanisme waarbij het eindproduct van een reactie of pad zichzelf stimuleert of activeert. |
Primaire cilium | Een kleine, enkele, onbeweeglijk cilium zonder dynein dat opborrelt vanuit het centriool en op het plasma membraan gaat zitten om signalen te geven. Sommige signaleringseiwitten zitten in het primaire cilium. |
Rac | Een belangrijk lid uit de Rho familie. |
Ras | Monomerisch GTPase uit de Ras super familie. Het zorgt voor de heruitzending van signalen van celoppervlakte RTK receptoren richting de celkern. Voornamelijk worden er signalen doorgegeven om celdeling te stimuleren. |
Ras superfamilie | Een grote familie van monomerische GTPases waarbij Ras als prototype dient. |
Receptor | Een eiwit dat een signaleringsmolecuul, ligand, bindt en een respons in de cel in gang zet. Sommigen bevinden zich op het plasma membraan, maar anderen bevinden zich in de cel. |
Receptor tyrosine kinase (RTK) | Een celoppervlakte receptor met een extracellulair ligand-bindingsdomein en een intracellulair kinase domein dat signaleringseiwitten fosforliseert aan tyrosine residuen. |
Regulator van G-eiwitsignalering (RGS) | Een GAP dat bindt aan een G eiwit en de GTPase activiteit versterkt. Dit zorgt voor een limiet aan signalen van G eiwitten. |
Rho | Een lid van de Rho eiwit familie |
Rho eiwit familie | Een familie van monomerische GTPases in de Ras superfamilie dat betrokken is bij signalen van en naar het cytoskelet. |
Rhodopsin | Een membraaneiwit uit de GPCR familie dat werkt als een lichtsensor in staafreceptoren in de retina. Het bevat licht gevoelige retinol. |
Ryanodine receptor | Receptoren die geblokkeerd kunnen worden door ryanodine. Ze zorgen voor het samentrekken van spieren en zitten op het ER. |
Serine/threonine kinase | Een enzym dat bepaalde eiwitten fosforliseert op serines of threonines. |
SH2 domein | Src homoloog gebied 2. Een eiwit domein dat voorkomt bij vele signaleringseiwitten. Het bindt aan korte aminozuursequenties die een fosfortyrosine bevatten. |
Signaleringscascade | Een sequentie van gekoppelde intracellulaire reacties. Ze worden gestimuleerd door een geactiveerde celoppervlakte receptor en versterken vaak ook de signalen tijdens de verschillende stappen. |
Smad familie | Een latent gen regulerend eiwit dat gefosforliseerd, en geactiveerd, is door serine/threonine kinasen. Het draagt het signaal van het celoppervlakte naar de celkern. |
Smoothened | Een GPCR dat onderdeel is van het Hedgehog circuit en voorkomt bij fruitvliegjes en mensen. |
Staaf fotoreceptor | Een fotoreceptor cel in de retina van een gewerveld dier dat verantwoordelijk is voor beeld zonder kleur in het donker. |
STAT | Staat voor ‘signal transducer and activator of transcription’. Latent gen regulerend eiwit dat geactiveerd en gefosforliseerd wordt door JAK’s. Het betreedt de celkern in opdracht van leden uit de cytokine receptor familie. |
Stellingseiwit (scaffold) | Een eiwit dat intracellulaire signaleringseiwitten in groepen bindt in een signaleringscomplex. Vaak wordt dit complex in de cel ergens vast gezet. |
Steroïde hormonen | Hydrofobische lipide moleculen met een vier-ring structuur. Het wordt gemaakt uit cholesterol. Vele hormonen, zoals cytosol, estrogeen en testosteron, zijn steroïdes die intracellulaire celkernreceptoren activeren. |
Stikstofoxide (NO) | Een signaleringseiwit in gasvorm dat gebruikt wordt tijdens cel-cel communicatie bij dieren en planten. |
Stikstofoxide synthase (NOS) | Een enzym dat NO maakt door middel van de deaminatie van arginine. |
Stimulerend G-eiwit (Gs) | Een G eiwit dat na activatie adenylyl cyclase (enzym) activeert en daarmee de productie van cAMP stimuleert. |
Synaptische signalering | Communicatie tussen neuronen door middel van transmitteroverdracht in de synaptische spleet. |
Transformerend groeifactor-ß (TGFß) superfamilie | Een grote familie van eiwitten die zich gedragen als hormonen en lokale mediatoren om veel verschillende functies in dieren te controleren. Het is belangrijk tijdens de ontwikkeling van een dier en wordt structureel afgegeven. Leden zijn TGFβ/activin en bot morfogenetisch eiwit (BMP). |
Trimerisch GTP-bindingseiwit | Een eiwit met GTPase activiteit dat GPCR’en aan enzymen bindt. Hierdoor wordt een ion- of een enzymkanaal actief in het plasma membraan. |
Tweede bezorger | Zie kleine intracellulaire bemiddelaars. |
Tyrosine kinase | Een enzym dat bepaalde eiwitten op tyrosines fosforliseert. |
Wnt eiwit | Een lid van een familie van uitgescheiden signaleringseiwitten die verschillende rollen hebben tijdens celdifferentiatie, celtoename en gen expressie bij dierlijke embryo’s en volwassen weefsel. |
Wnt/ß-catenine pad | Een signaleringspad dat geactiveerd wordt door een Wnt eiwit aan een celoppervlakte receptor. Het pad heeft verschillende richtingen. Activatie van de grootste richting, kanoniek, zorgt voor een verhoging van β-kanoniek moleculen. Zij dringen de celkern binnen om gen expressie te reguleren voor celdifferentiatie en celtoename. Een te grote activatie van dit pad kan kanker veroorzaken. |
7. Moleculaire signalering in Neuronen (Purves)
Calcium pomp | Een speciaal ion kanaal voor het toelaten of verwijderen van calcium ionen. |
Calmodulin | Een intracellulair Ca2+ bindingseiwit dat een grote conformatie verandering nodig heeft om aan Ca2+ te binden. Hierdoor kan het wel de activiteit van vele eiwitten reguleren. De actieve vorm wordt Ca2+/calmodulin genoemd. |
Cel-associatie signaleringsmoleculen | Moleculen die op het oppervlakte zitten van het plasma membraan en geven alleen signalen door als ze fysiek contact hebben met andere cellen. |
Cel-impermeant | Moleculen die uitgescheiden worden en aan receptoren binden. Voornamelijk steroïdes. |
Cel-permeant | Moleculen die uitgescheiden worden, binden aan receptoren en hierbij signalen in de cel vrijgeven. |
Eiwit fosfatase | Eiwitten die fosfaatgroepen van andere eiwitten of moleculen verwijderen. |
Eiwit kinase | Eiwitten die fosfaatgroepen aan andere eiwitten of moleculen toevoegen. |
Endocriene | Lange-afstandssignalen door middel van hormonen. |
Enzym gekoppelde receptor | Een oppervlakte-cel receptor dat een cytoplasmisch domein heeft dat enzymatisch is of in contact staat met een enzym. In beide gevallen wordt de enzymatische activiteit gestimuleerd door een extracellulair ligand aan de receptor. |
G eiwit | Een eiwit met GTPase activiteit dat GPCR’en aan enzymen bindt. Hierdoor wordt een ion- of een enzymkanaal actief in het plasma membraan. |
G eiwit gekoppelde receptoren | Een G eiwit gekoppelde receptor dat geactiveerd wordt door een ligand van buitenaf. Vervolgens activeert het G-eiwit een enzym of ionkanaal. Deze zorgen daarna voor meerdere activiteiten en signalen in de cel. |
GTP-bindingseiwit | Zie G eiwit. |
Heterotrimerische G eiwitten | Klasse 1 van G eiwitten dat een α-, een β- en een γ-unit bevatten. De actieve vorm laat het α-unit los, door middel van GTP, om responsen in de cel te starten. |
Intracellulaire receptoren | Deze receptoren worden geactiveerd door cel permeante of lipofilische signaleringsmoleculen. Hierbij ontstaan signaleringscascades en de productie van mRNA. Dit gebeurt doordat het signaal het inhibitie complex los laat. |
Intracellulaire signaal transductie | Signalen doorgeven binnen in de cel. |
Inositol trifosfaat (IP3) | Is een calciumkanaal dat vooral voorkomt in het membraan van het endoplasmatisch reticulum van cellen in hetcerebellum. |
Kanaal gekoppelde receptor | Bevatten een bindingsplaats aan de buitenkant van de cel en kunnen een kanaal openen voor een ion. |
Kleine G eiwitten | Zie monomerische G eiwitten. |
Monomerische G eiwitten | Eiwitten die signalen opnieuw uitzenden in de cel richting andere eiwitten of tweede boodschappers. |
Na+/Ca2+ wisselaar | Na2+ wordt uit de cel gehaald, terwijl Na+ in de cel wordt toegelaten. |
NGF | Zie zenuwgroei factor. |
Onmiddellijk vroeg gen | Genen die als eerste worden gekopieerd en vertaald, zodat ze vertraagde respons genen kunnen activeren voor transcriptie. |
Paracrine | Lokale communicatie tussen cellen. |
Promoter | Start sequentie dat nodig is voor translatie en waar de RNA polymerase aan bindt. |
Ras | Een tweede boodschapper die helpt bij differentiatie en toename van cellen. |
Ryanodine receptor | Receptoren die geblokkeerd kunnen worden door ryanodine. Ze zorgen voor het samentrekken van spieren en zitten op het ER. |
Signaal versterking | Een signaal zorgt ervoor dat vele andere eiwitten, enzymen en tweede boodschappers geactiveerd worden. |
Transcriptie activator eiwitten | Eiwitten die zorgen voor het starten van de transcriptie |
Transcriptie factoren | Zie transcriptie activator eiwitten. |
Tweede boodschappers | Een molecuul dat gevormd of vrijgelaten wordt voor actie door middel van een extracellulair signaal. Het zorgt voor de heruitzending van een signaal. Voorbeelden zijn cAMP, cGMP, IP3 Ca2+ en DAG. |
Vertraagde respons genen | Genen die geactiveerd worden nadat onmiddellijk vroege genen gemaakt zijn. |
Zenuwgroei factor | Zorgt voor differentiatie, overleving en synaptische connecties tussen sympathische en sensorische neuronen |
- 1 of 2141
- volgende ›
JoHo can really use your help! Check out the various student jobs here that match your studies, improve your competencies, strengthen your CV and contribute to a more tolerant world
Online access to all summaries, study notes en practice exams
- Check out: Register with JoHo WorldSupporter: starting page (EN)
- Check out: Aanmelden bij JoHo WorldSupporter - startpagina (NL)
How and why would you use WorldSupporter.org for your summaries and study assistance?
- For free use of many of the summaries and study aids provided or collected by your fellow students.
- For free use of many of the lecture and study group notes, exam questions and practice questions.
- For use of all exclusive summaries and study assistance for those who are member with JoHo WorldSupporter with online access
- For compiling your own materials and contributions with relevant study help
- For sharing and finding relevant and interesting summaries, documents, notes, blogs, tips, videos, discussions, activities, recipes, side jobs and more.
Using and finding summaries, study notes en practice exams on JoHo WorldSupporter
There are several ways to navigate the large amount of summaries, study notes en practice exams on JoHo WorldSupporter.
- Use the menu above every page to go to one of the main starting pages
- Starting pages: for some fields of study and some university curricula editors have created (start) magazines where customised selections of summaries are put together to smoothen navigation. When you have found a magazine of your likings, add that page to your favorites so you can easily go to that starting point directly from your profile during future visits. Below you will find some start magazines per field of study
- Use the topics and taxonomy terms
- The topics and taxonomy of the study and working fields gives you insight in the amount of summaries that are tagged by authors on specific subjects. This type of navigation can help find summaries that you could have missed when just using the search tools. Tags are organised per field of study and per study institution. Note: not all content is tagged thoroughly, so when this approach doesn't give the results you were looking for, please check the search tool as back up
- Check or follow your (study) organizations:
- by checking or using your study organizations you are likely to discover all relevant study materials.
- this option is only available trough partner organizations
- Check or follow authors or other WorldSupporters
- by following individual users, authors you are likely to discover more relevant study materials.
- Use the Search tools
- 'Quick & Easy'- not very elegant but the fastest way to find a specific summary of a book or study assistance with a specific course or subject.
- The search tool is also available at the bottom of most pages
Do you want to share your summaries with JoHo WorldSupporter and its visitors?
- Check out: Why and how to add a WorldSupporter contributions
- JoHo members: JoHo WorldSupporter members can share content directly and have access to all content: Join JoHo and become a JoHo member
- Non-members: When you are not a member you do not have full access, but if you want to share your own content with others you can fill out the contact form
Quicklinks to fields of study for summaries and study assistance
Field of study
- All studies for summaries, study assistance and working fields
- Communication & Media sciences
- Corporate & Organizational Sciences
- Cultural Studies & Humanities
- Economy & Economical sciences
- Education & Pedagogic Sciences
- Health & Medical Sciences
- IT & Exact sciences
- Law & Justice
- Nature & Environmental Sciences
- Psychology & Behavioral Sciences
- Public Administration & Social Sciences
- Science & Research
- Technical Sciences
Add new contribution